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- PDB-5zs6: Dodecameric structure of a small Heat Shock Protein from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zs6
タイトルDodecameric structure of a small Heat Shock Protein from Mycobacterium marinum M: Form-2
要素
  • GLY-ARG-LEU-LEU
  • Molecular chaperone (Small heat shock protein)
キーワードCHAPERONE / sHSP / oligomers / polydispersity
機能・相同性: / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PROLINE / Molecular chaperone (Small heat shock protein)
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum M (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81191345712 Å
データ登録者Bhandari, S. / Suguna, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Dodecameric structure of a small heat shock protein from Mycobacterium marinum M.
著者: Bhandari, S. / Biswas, S. / Chaudhary, A. / Dutta, S. / Suguna, K.
履歴
登録2018年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5229
ポリマ－16,9942
非ポリマー5277
水362
1
A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

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U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

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U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

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U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

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U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子

A: Molecular chaperone (Small heat shock protein)
U: GLY-ARG-LEU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,261108
ポリマ－203,93324
非ポリマー6,32984
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
手法DODECAMERIC
単位格子
Length a, b, c (Å)91.290, 91.290, 91.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AU

#1: タンパク質 Molecular chaperone (Small heat shock protein)


分子量: 16535.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア)
株: M / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HF11
#2: タンパク質・ペプチド GLY-ARG-LEU-LEU


分子量: 458.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア)
株: M / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 9分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 24 % PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→64.5516366332 Å / Num. obs: 3204 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.81→2.96 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 466 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GME

1gme


解像度: 2.81191345712→64.55 Å / SU ML: 0.293615717533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35348710975 / 位相誤差: 17.2988004223
Rfactor反射数%反射
Rfree0.250238558138 177 5.55555555556 %
Rwork0.199183007628 --
obs0.202519140461 3186 99.4692475804 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81191345712→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数848 0 32 2 882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046298894019908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9226244599731226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054036055063146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00619177403898158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6331990058566
LS精密化 シェル解像度: 2.8119→2.9601 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.250238558138 177 -
Rwork0.199183007628 3009 -
obs--99.4692475804 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.138307119694.33268141887-5.982266638882.96618885681-3.371347951254.45307648066-0.3252545115011.29309221748-0.5607127374560.308508078124-0.4037324916720.2363324746790.3989371543730.1609994277580.5782155020820.5663494045110.2869618373060.06705348543860.75568814147-0.228774826650.70478325810322.956196747535.8167547866.8799934734
24.562306994080.444545214472-3.170604116513.330945746482.156365988453.98350246849-0.3032812703180.224618760959-0.475684330320.198640586705-0.1163639466640.01137729866830.695631208799-0.3405732953660.3788651376530.312854504879-0.06846469533150.04626314525610.3217867763910.01392798204170.32791161178816.975934397635.344782594953.0068036393
32.042357666630.530759425932-2.858981469911.5430345136-0.4469240791987.891388385610.114132692881-0.144538493782-0.3078570954410.017651062671-0.1312984128670.06678501853620.1211280065720.2319548404760.03392685483590.2077887387070.0178092881026-0.07666974220220.2237758537320.004784612984110.26153339473716.941620586136.979439442546.5662841051
40.9562811095850.168347692435-0.7651158346640.693899566477-0.2620461237580.9096545217270.0753227920113-0.736537201559-0.2085500041020.3724335507890.110360973675-0.0970802782931-0.140199194165-0.282090668766-0.199620968010.404632725531-0.119585163992-0.03283528424160.3385549961450.001626536223160.23370349792218.434539309736.148192813474.7717459895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'U' and (resid 1 through 4 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 130 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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