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- PDB-5zrt: Crystal structure of human C1ORF123 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zrt
タイトルCrystal structure of human C1ORF123 protein
要素UPF0587 protein C1orf123
キーワードUNKNOWN FUNCTION / human hypothetical protein
機能・相同性CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / zinc ion binding / BETA-MERCAPTOETHANOL / CXXC motif containing zinc binding protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rahaman, S.N.A. / Yusop, J.M. / Mohamed-Hussein, Z.A. / Wan Mohd, A. / Ho, K.L. / Teh, A.H. / Waterman, J. / Ng, C.L.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, Technology and Innovation (Malaysia)02-01-02-SF0993 (Ministry of Science, Technology and Innovation) マレーシア
引用
ジャーナル: Peerj / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and functional analysis of human C1ORF123.
著者: A Rahaman, S.N. / Mat Yusop, J. / Mohamed-Hussein, Z.A. / Aizat, W.M. / Ho, K.L. / Teh, A.H. / Waterman, J. / Tan, B.K. / Tan, H.L. / Li, A.Y. / Chen, E.S. / Ng, C.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and X-ray crystallographic analysis of recombinant human C1ORF123 protein
著者: Rhaman, S.N. / Yusop, M.J. / Mohamed-Hussein, Z.A. / Ho, K.L. / Teh, A.H. / Waterman, J. / Ng, C.L.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0587 protein C1orf123
B: UPF0587 protein C1orf123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,31213
ポリマ－40,4802
非ポリマー83211
水3,225179
1
A: UPF0587 protein C1orf123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7878
ポリマ－20,2401
非ポリマー5477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
2
B: UPF0587 protein C1orf123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5255
ポリマ－20,2401
非ポリマー2854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.320, 65.350, 95.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 21 - 180

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UPF0587 protein C1orf123


分子量: 20239.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1orf123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWV4

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % / 解説: Long rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic buffer pH 6.5, 20% polyethylene glycol 3350
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.9 Å / Num. obs: 29180 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 10058 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZSO

1zso


解像度: 1.9→30.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.102 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1491 5.1 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1778 27649 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.73 Å2 / Biso mean: 46.861 Å2 / Biso min: 20.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→30.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2525 0 44 179 2748
Biso mean--66.48 50.61 -
残基数----320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.022624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0371.9643528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0425326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2225.591127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57715477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5961512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021970
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 185 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 112 -
Rwork0.232 1967 -
all-2079 -
obs--96.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.537-0.13360.2671.95690.47011.21630.04240.0505-0.1073-0.0677-0.13020.29150.0486-0.18410.08790.06180.004-0.02680.0457-0.04020.0661-8.6603-13.585913.5771
23.88930.1897-0.58612.84550.5732.17910.0616-0.15180.5134-0.2882-0.12610.4318-0.3661-0.30.06460.14720.1005-0.07310.0854-0.06540.1411-13.556413.389814.3659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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