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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zre | ||||||
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タイトル | Tyrosinase from Burkholderia thailandensis (BtTYR) at high pH condition | ||||||
![]() | Tyrosinase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Tyrosinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, S. / Son, H.-F. / Kim, K.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Highly Efficient Production of Catechol Derivatives at Acidic pH by Tyrosinase from Burkholderia thailandensis 著者: Son, H.F. / Lee, S.H. / Lee, S.H. / Kim, H. / Hong, H. / Lee, U.J. / Lee, P.G. / Kim, B.G. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 285.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60674.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: melO, BTH_II0649, DR63_5120 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% (w/v) polyethyleneglycol 3350, 275 mM Ammonium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→113.3 Å / Num. obs: 59146 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 40.21 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rsym value: 0.307 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→27.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 10.196 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.303 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.19 Å2 / Biso mean: 54.795 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→27.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.499→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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