PDB-5zqj: Crystal structure of beta-xylosidase from Bacillus pumilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zqj

タイトル

Crystal structure of beta-xylosidase from Bacillus pumilus

要素

Beta-xylosidase

キーワード

HYDROLASE / xylobiose hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus pumilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Ha, N.C. / Hong, S. / Jo, I.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structure-based protein engineering of bacterial beta-xylosidase to increase the production yield of xylobiose from xylose
著者: Hong, S. / Kyung, M. / Jo, I. / Kim, Y.R. / Ha, N.C.

履歴

登録	2018年4月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zqj.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zqj.ent.gz	196.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zqj_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zqj_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	5zqj_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	5zqj_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zqsC 5zqxC 1yifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zqx-1 5zqx-2 3c2u-2 6ife-d 3c2u-3 5zqs-d 4g6g-d 2yjq-d 5wmt-d 2nyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-xylosidase

B: Beta-xylosidase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, homodimer state (68% (w/w))

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.261, 105.201, 105.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-xylosidase / 1 / 4-beta-D-xylan xylohydrolase / Xylan 1 / 4-beta-xylosidase 分子量: 62090.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: xynB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07129, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05M HEPES (pH 7.5), 20%(w/v) PEG 3350, 1%(w/v) tryptone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 107503 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 17.23
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 5058 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.18 / R_rim(I) all: 0.347 / Χ²: 0.767 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YIF

1yif

解像度: 1.73→47.245 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 17.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	4934	4.99 %
R_work	0.1545	-	-
obs	0.1562	98865	89.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.245 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8654	0	36	937	9627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.875	12172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.56	5214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7304-1.75	0.2487	72	0.2123	1638	X-RAY DIFFRACTION	47
1.75-1.7706	0.2561	111	0.1965	1856	X-RAY DIFFRACTION	53
1.7706-1.7922	0.2358	108	0.1924	2033	X-RAY DIFFRACTION	59
1.7922-1.8149	0.2083	133	0.2003	2205	X-RAY DIFFRACTION	63
1.8149-1.8388	0.2252	161	0.2007	2311	X-RAY DIFFRACTION	68
1.8388-1.864	0.2357	145	0.2044	2540	X-RAY DIFFRACTION	73
1.864-1.8906	0.2607	160	0.1929	2776	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8906-1.9188	0.2407	160	0.1871	2985	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9188-1.9488	0.2136	143	0.1906	3212	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9488-1.9808	0.2122	190	0.1745	3205	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9808-2.0149	0.2029	214	0.1763	3266	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0149-2.0516	0.2102	171	0.1744	3383	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0516-2.091	0.1781	142	0.1769	3391	X-RAY DIFFRACTION	97
2.091-2.1337	0.2408	173	0.1702	3398	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1337-2.1801	0.2306	196	0.1637	3426	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1801-2.2308	0.2148	200	0.1625	3396	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2308-2.2866	0.1932	184	0.1546	3434	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2866-2.3484	0.1925	202	0.1518	3443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3484-2.4175	0.1972	155	0.1613	3450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4175-2.4956	0.1998	189	0.1579	3460	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4956-2.5847	0.1958	158	0.1564	3523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5847-2.6882	0.2167	163	0.1563	3479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6882-2.8106	0.1991	184	0.1601	3481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8106-2.9587	0.2056	169	0.1554	3478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9587-3.1441	0.1832	176	0.1543	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1441-3.3867	0.1886	154	0.1476	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3867-3.7274	0.1635	169	0.1374	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7274-4.2665	0.1452	187	0.1235	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2665-5.3742	0.1311	192	0.1209	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3742-47.2629	0.1689	173	0.1533	3601	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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