[日本語] English
万見
- PDB-5zpw: Generation of a long-acting fusion inhibitor against HIV-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zpw
タイトルGeneration of a long-acting fusion inhibitor against HIV-1
要素
  • MET-THR-TRP-GLU-GLU-TRP-ASP-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-TYR-THR-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-LEU-ILE-LYS-LYS-SER
  • Transmembrane protein gp41
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Inhibitor / Complex / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / apoptotic process / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Guo, Y. / Shi, X.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21602121 中国
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2018
タイトル: Generation of a long-acting fusion inhibitor against HIV-1.
著者: Guo, Y. / Zhou, P.P. / Zhang, S.Y. / Fan, X.W. / Dou, Y.W. / Shi, X.L.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein gp41
B: MET-THR-TRP-GLU-GLU-TRP-ASP-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-TYR-THR-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-LEU-ILE-LYS-LYS-SER
C: Transmembrane protein gp41
D: MET-THR-TRP-GLU-GLU-TRP-ASP-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-TYR-THR-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-LEU-ILE-LYS-LYS-SER
E: Transmembrane protein gp41
F: MET-THR-TRP-GLU-GLU-TRP-ASP-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-TYR-THR-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-LEU-ILE-LYS-LYS-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6536
ポリマ－21,6536
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.737, 84.737, 66.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41


分子量: 4133.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: D6NUQ7, UniProt: A0A1S6KGE5*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド MET-THR-TRP-GLU-GLU-TRP-ASP-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-TYR-THR-MK8-LYS-ILE-GLU-MK8-LEU-ILE-LYS-LYS-SER


分子量: 3083.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 400, magnesium chloride, 2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→21.184 Å / Num. obs: 11745 / % possible obs: 98.14 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.58
反射 シェル解像度: 2.199→2.278 Å / Rmerge(I) obs: 0.611

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VU6

3vu6


解像度: 2.199→19.626 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 554 4.72 %
Rwork0.2399 --
obs0.2409 11741 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→19.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 0 29 1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0572092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.866908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1991-2.420.30571530.22792806X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.76940.2781350.2342833X-RAY DIFFRACTION100
2.7694-3.48590.30661450.27072829X-RAY DIFFRACTION100
3.4859-19.6270.23261210.23022719X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4715-0.45680.2851.2369-1.28260.67470.0140.0901-0.14670.7093-0.3606-0.3174-0.03350.0888-00.4030.0020.02690.4627-0.06040.556834.1601155.41997.9887
20.6058-0.2816-1.19450.6576-0.61034.24590.00680.3533-0.1359-0.1246-0.34030.55220.20150.30750.00120.59220.05140.07150.59060.07220.444832.9934161.1933-3.6619
30.8349-0.15130.08151.15320.2344-0.6530.0936-0.0611-0.0703-0.2927-0.12740.0161-0.064-0.00160.00160.539-0.01890.0890.5057-0.03310.484627.4687156.667614.6365
44.75762.9583-0.09752.26250.94811.04510.0689-0.0924-0.26120.2888-0.31510.6357-0.13720.3051-0.00360.498-0.10810.04410.5011-0.09020.255635.2697167.018416.6617
50.7089-0.4026-0.13221.2094-0.31390.02010.10490.0763-0.08140.1704-0.03790.6609-0.125-0.18940.00070.5112-0.076-0.01550.5449-0.05040.545125.1512153.98525.9923
63.3014-1.5319-0.63391.5960.93580.86760.01990.1846-0.2979-0.1196-0.40790.50570.0626-0.3711-0.00990.39640.0349-0.02730.6202-0.12960.594215.7749163.18478.9229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 554 through 588 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 626 through 649 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 554 through 588 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 626 through 649 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 554 through 588 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 626 through 649 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る