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- PDB-6tvu: Structure of native gp41 derived peptide fusion inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tvu
タイトルStructure of native gp41 derived peptide fusion inhibitor
要素
  • Env polyprotein (Fragment)
  • Transmembrane protein gp41
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor / helix bundle / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Huhmann, S. / Nyakatura, E.K. / Rohrhofer, A. / Schmidt, B. / Eichler, J. / Moschner, J. / Roth, C. / Koksch, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Systematic Evaluation of Fluorination as Modification for Peptide-Based Fusion Inhibitors against HIV-1 Infection.
著者: Huhmann, S. / Nyakatura, E.K. / Rohrhofer, A. / Moschner, J. / Schmidt, B. / Eichler, J. / Roth, C. / Koksch, B.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年7月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AaA: Env polyprotein (Fragment)
BBB: Transmembrane protein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3072
ポリマ－8,3072
非ポリマー00
水1,56787
1
AaA: Env polyprotein (Fragment)
BBB: Transmembrane protein gp41

AaA: Env polyprotein (Fragment)
BBB: Transmembrane protein gp41

AaA: Env polyprotein (Fragment)
BBB: Transmembrane protein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9226
ポリマ－24,9226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.963, 44.963, 209.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AaA-702-

HOH

21AaA-710-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Env polyprotein (Fragment)


分子量: 4515.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: C7F3P9
#2: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41 / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 3792.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04582
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, 2-Propanol, Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→38.3 Å / Num. obs: 23184 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 1119 / CC1/2: 0.396

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.25→38.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.238 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1114 4.805 %
Rwork0.162 --
all0.164 --
obs-23183 99.97 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.862 Å20.431 Å20 Å2
2--0.862 Å20 Å2
3----2.795 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数564 0 12 87 663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.013638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.63870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5891.5771354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.74575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07922.25831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67515106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.075154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3320.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.240.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1920.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1180.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5481.877294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5471.889295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3132.778371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3392.794372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3152.434344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3122.446345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.363.453499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3553.465500
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.64625.031812
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.35924.357787
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.35331218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.2820.323790.3251607X-RAY DIFFRACTION99.9407
1.282-1.3180.272920.3021544X-RAY DIFFRACTION100
1.318-1.3560.296740.2671511X-RAY DIFFRACTION100
1.356-1.3970.289660.2391507X-RAY DIFFRACTION100
1.397-1.4430.249760.2331420X-RAY DIFFRACTION100
1.443-1.4940.218790.1771393X-RAY DIFFRACTION100
1.494-1.550.225600.1361359X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.6140.153740.121269X-RAY DIFFRACTION100
1.614-1.6850.162750.1141233X-RAY DIFFRACTION100
1.685-1.7670.189530.1211207X-RAY DIFFRACTION100
1.767-1.8630.207580.1281144X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.9760.208490.1361073X-RAY DIFFRACTION99.9109
1.976-2.1120.2500.1281019X-RAY DIFFRACTION100
2.112-2.2810.162440.116957X-RAY DIFFRACTION100
2.281-2.4990.15440.115893X-RAY DIFFRACTION99.8934
2.499-2.7930.175360.132803X-RAY DIFFRACTION100
2.793-3.2250.193310.148726X-RAY DIFFRACTION100
3.225-3.9470.186330.163609X-RAY DIFFRACTION100
3.947-5.5730.265280.162493X-RAY DIFFRACTION100
5.573-38.20.318130.279302X-RAY DIFFRACTION99.6835

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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