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- PDB-5zok: Crystal structure of human SMAD1-MAN1 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zok
タイトルCrystal structure of human SMAD1-MAN1 complex.
要素
  • Inner nuclear membrane protein Man1
  • Mothers against decapentaplegic homolog 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription / Complex / TGF-beta signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


mesodermal cell fate commitment / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of cartilage development ...mesodermal cell fate commitment / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of cartilage development / Nuclear Envelope Breakdown / DEAD/H-box RNA helicase binding / primary miRNA binding / gamete generation / hindbrain development / cardiac conduction system development / embryonic pattern specification / primary miRNA processing / Signaling by BMP / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / U1 snRNP binding / RHOD GTPase cycle / I-SMAD binding / cartilage development / ureteric bud development / Cardiogenesis / RND1 GTPase cycle / nuclear inner membrane / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / midbrain development / cardiac muscle cell proliferation / homeostatic process / positive regulation of sprouting angiogenesis / cellular response to organic cyclic compound / RHOG GTPase cycle / negative regulation of BMP signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RAC1 GTPase cycle / ossification / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / bone development / positive regulation of miRNA transcription / MAPK cascade / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAN1, RNA recognition motif / : / Man1/Src1, C-terminal / MAN1, winged-helix domain / Man1-Src1p-C-terminal domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins ...MAN1, RNA recognition motif / : / Man1/Src1, C-terminal / MAN1, winged-helix domain / Man1-Src1p-C-terminal domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 1 / Inner nuclear membrane protein Man1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Miyazono, K. / Ito, T. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15K14708 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K19581 日本
Japan Society for the Promotion of Science23228003 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for receptor-regulated SMAD recognition by MAN1
著者: Miyazono, K.I. / Ohno, Y. / Wada, H. / Ito, T. / Fukatsu, Y. / Kurisaki, A. / Asashima, M. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 1
B: Inner nuclear membrane protein Man1
C: Mothers against decapentaplegic homolog 1
D: Inner nuclear membrane protein Man1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2414
ポリマ－77,2414
非ポリマー00
水00
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 1
B: Inner nuclear membrane protein Man1

A: Mothers against decapentaplegic homolog 1
B: Inner nuclear membrane protein Man1

A: Mothers against decapentaplegic homolog 1
B: Inner nuclear membrane protein Man1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8626
ポリマ－115,8626
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
2
C: Mothers against decapentaplegic homolog 1
D: Inner nuclear membrane protein Man1

C: Mothers against decapentaplegic homolog 1
D: Inner nuclear membrane protein Man1

C: Mothers against decapentaplegic homolog 1
D: Inner nuclear membrane protein Man1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8626
ポリマ－115,8626
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.050, 187.050, 187.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12(chain B and (resid 762 through 774 or resid 778 through 888))
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUGLUGLUchain AAA266 - 46510 - 209
211GLUGLUGLUGLUchain CCC266 - 46510 - 209
112SERSERARGARG(chain B and (resid 762 through 774 or resid 778 through 888))BB762 - 7744 - 16
122PROPROSERSER(chain B and (resid 762 through 774 or resid 778 through 888))BB778 - 88820 - 130
212SERSERSERSERchain DDD762 - 8884 - 130

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 1 / Mothers against DPP homolog 1 / JV4-1 / Mad-related protein 1 / SMAD family member 1 / hSMAD1 / ...Mothers against DPP homolog 1 / JV4-1 / Mad-related protein 1 / SMAD family member 1 / hSMAD1 / Transforming growth factor-beta-signaling protein 1 / BSP-1


分子量: 23650.561 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 259-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15797
#2: タンパク質 Inner nuclear membrane protein Man1 / LEM domain-containing protein 3


分子量: 14970.151 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 762-890 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.1M MES, 10% PEG20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.76 Å / Num. obs: 26645 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 61.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 160567
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.85-35.90.79137750.7350.350.86798.9
9.01-46.765.40.0229300.9990.010.02495.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12rc2_2821: ???精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.85→42.912 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 26.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 2486 5.06 %
Rwork0.2149 --
obs0.2169 26574 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.49 Å2 / Biso mean: 70.4851 Å2 / Biso min: 29.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→42.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5213 0 0 0 5213
残基数----651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6187265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0623158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1861X-RAY DIFFRACTION12.278TORSIONAL
12C1861X-RAY DIFFRACTION12.278TORSIONAL
21B1098X-RAY DIFFRACTION12.278TORSIONAL
22D1098X-RAY DIFFRACTION12.278TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8485-2.90330.30721200.30912506262696
2.9033-2.96250.34721340.295226192753100
2.9625-3.02690.32571290.294226252754100
3.0269-3.09730.36311330.280726172750100
3.0973-3.17480.28991470.305925842731100
3.1748-3.26060.33511270.280426062733100
3.2606-3.35650.27951260.250626372763100
3.3565-3.46480.30691500.243825982748100
3.4648-3.58860.32021290.232226122741100
3.5886-3.73220.25271530.234625932746100
3.7322-3.90190.26531500.220325782728100
3.9019-4.10750.25851550.204725942749100
4.1075-4.36460.19651210.179426242745100
4.3646-4.70120.20271360.174926142750100
4.7012-5.17360.21511330.161825982731100
5.1736-5.92050.23311450.193825952740100
5.9205-7.45290.22551480.21252582273099
7.4529-42.91710.23161500.18162457260794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.53530.97733.43938.17622.04348.73150.07050.22520.303-0.1088-0.3013-0.09010.560.22270.31930.3023-0.02240.00710.2630.06340.40435.58919.13725.8638
26.73074.00893.3246.62944.84273.63180.0126-0.4243-0.778-0.01860.07590.42370.5665-0.2841-0.11670.4689-0.0775-0.00770.38140.03410.4153-1.90416.55095.9117
37.3341-2.72615.57447.3552-6.14997.92240.2309-0.2263-0.2153-0.15520.22550.36540.322-0.1304-0.52310.33160.0080.0570.44930.00320.301-0.886216.111316.2064
45.3597-4.44766.39636.7648-3.71328.5617-0.5472-2.19550.03091.01290.9030.6515-0.2708-0.7405-0.25160.70660.06880.05980.6116-0.05840.49730.008726.900324.2008
53.9067-1.0937-3.15281.91791.32935.10260.24380.15390.4681-0.3301-0.0531-0.0028-0.4521-0.1285-0.20480.472-0.0051-0.06830.28220.02320.38823.234931.4308-1.2676
64.2255-1.6374-2.57642.83821.99958.69510.1055-0.03910.47810.07110.1097-0.4508-0.0115-0.0831-0.25670.3477-0.0026-0.11310.29170.0270.48949.283328.02083.6594
77.239-5.46046.20355.8526-3.19876.5225-1.23451.8607-0.46770.3387-0.1707-0.9433-2.33721.18761.44111.1775-0.41690.11580.91830.02081.066234.183723.4567-5.4719
86.6403-4.9711-1.18414.2805-0.86466.1372-1.3127-0.78940.58250.34020.70590.49080.0373-0.30580.63780.69340.0122-0.00290.4362-0.17550.7106-8.263644.27586.9729
98.0684-5.01170.07039.9219-2.12010.6372-1.6331-1.93061.81122.03480.5864-1.37920.0304-1.2391.07721.2311-0.0118-0.23130.887-0.18891.17926.444451.35931.2173
106.5763-0.2676-1.28480.0634-0.47364.9758-0.99280.9491.0025-0.49870.64791.44650.1520.5470.44250.6958-0.0604-0.22770.43420.21110.9132-5.355853.5396-8.8421
112.8889-4.2509-2.38346.2883.8248.4951-0.51910.07582.51690.22590.19842.05230.8882-0.20750.12790.5249-0.1439-0.1570.5120.1350.9402-19.655440.4741-5.2614
126.2627-3.0856-2.35383.7844-1.12063.1630.2456-0.8762.1343-0.0894-0.52682.4738-0.4442-1.50720.55930.58520.10360.0040.7074-0.0491.6826-20.494550.8937-0.9603
135.5184.4681-0.65295.6895-2.3431.6718-0.185-0.3772.63760.46130.58091.6833-1.12380.05910.73420.79280.0344-0.70720.4301-0.34652.5089-12.828159.3118-1.7379
142.08281.52-1.60334.74570.08611.7994-0.97270.76341.1789-1.74370.62970.0639-0.7514-0.30780.18320.7336-0.1773-0.41930.76160.39951.6055-13.048950.2683-9.824
151.98511.20380.43249.2486-0.72275.151-0.52530.09561.87820.22650.3790.9454-0.56730.06370.07750.403-0.0153-0.13570.440.01920.9534-5.384750.3938-1.1233
169.71551.64081.67147.9179-1.94291.899-1.57041.92850.4227-2.45411.00671.0357-1.11690.0623-0.32661.7219-0.6205-0.80041.19640.57041.5125-10.498657.8831-17.3587
173.8124-1.3402-1.62565.19424.70769.6865-0.91820.12062.63430.91310.260.9961-0.2757-0.0060.69480.880.2278-0.22580.77180.13522.3951-16.882764.0806-3.6708
187.95523.7142-4.92574.4608-4.24524.18610.2429-0.0371-0.3860.33910.18320.1009-0.6309-0.4388-0.36550.44730.0158-0.06170.4237-0.10210.39771.767784.0503-3.8473
192.78330.69271.48583.0253-1.41871.94070.1822-0.1508-0.805-0.0850.12641.50710.1734-0.2438-0.29290.34460.04260.03370.6719-0.04110.641-7.705780.0582-8.0615
203.1341.0336-0.6646.9808-0.3090.32240.10050.4899-0.0442-0.6691-0.18380.5591-0.03570.13690.02960.3860.1193-0.0630.5062-0.17060.4622-1.395684.6023-15.0522
213.0394-1.31212.83933.2223-0.11078.33210.04770.0556-0.04890.1715-0.0308-0.35180.25880.4062-0.04340.35010.0643-0.05380.3764-0.09610.536114.92573.6888-6.6718
223.3659-1.32262.16074.4262-0.40943.2803-0.13650.21710.043-0.04850.1199-0.5109-0.00590.19910.09770.29290.02280.00910.2568-0.12090.472312.592581.9608-6.9865
233.06172.7526-0.753.0893-1.94262.71380.59020.4063-0.679-0.1761-1.2344-3.51140.85271.16050.67420.72370.201-0.11970.9437-0.07341.346228.75393.186911.1812
248.22614.41956.70894.4863.02346.9211-0.39010.1273-0.3617-2.4963-0.38430.4846-0.757-0.35480.51790.71790.2075-0.10420.8035-0.23150.582711.830766.1428-24.7018
256.0554-7.705-0.06599.934-0.04680.11970.57740.10131.10970.1865-1.1842-1.3493-0.30450.07140.52560.6896-0.132-0.13671.1244-0.35591.00728.699368.2556-21.0083
264.9742-0.3153-3.55863.2747-1.54168.69870.06531.0201-1.3079-0.0605-0.47361.00080.5674-1.10230.39470.54540.0995-0.15740.6527-0.32630.905313.169352.0946-20.8315
274.4378-1.8154-5.53236.84030.61027.60010.53120.4202-0.3327-0.6182-0.46370.43590.27450.0386-0.15370.4870.1315-0.22110.6114-0.22360.640819.983251.1388-22.2539
284.1914-4.9526-1.18197.76012.47585.16840.51331.055-0.0703-0.8214-0.42880.0710.26850.2136-0.05940.5350.1393-0.01060.5062-0.10290.400420.40461.1154-22.5435
297.7435-0.59544.12240.6893-0.92783.31920.90610.4211-1.0765-0.0958-0.81270.79030.3314-0.03810.08130.64170.2848-0.01510.7267-0.3380.786826.497845.3501-22.1288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 283 )A266 - 283
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 284 through 297 )A284 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 298 through 320 )A298 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 321 through 329 )A321 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 416 )A330 - 416
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 417 through 454 )A417 - 454
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 455 through 465 )A455 - 465
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 762 through 771 )B762 - 771
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 772 through 781 )B772 - 781
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 782 through 789 )B782 - 789
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 790 through 799 )B790 - 799
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 800 through 813 )B800 - 813
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 814 through 825 )B814 - 825
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 826 through 840 )B826 - 840
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 841 through 866 )B841 - 866
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 867 through 878 )B867 - 878
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 879 through 888 )B879 - 888
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 268 through 292 )C268 - 292
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 293 through 307 )C293 - 307
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 308 through 339 )C308 - 339
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 340 through 416 )C340 - 416
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 417 through 453 )C417 - 453
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 454 through 465 )C454 - 465
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 762 through 771 )D762 - 771
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 772 through 781 )D772 - 781
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 782 through 813 )D782 - 813
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 814 through 840 )D814 - 840
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 841 through 866 )D841 - 866
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 867 through 888 )D867 - 888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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