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万見
- PDB-5zo2: Crystal structure of mouse nectin-like molecule 4 (mNecl-4) full ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zo2
タイトルCrystal structure of mouse nectin-like molecule 4 (mNecl-4) full ectodomain in complex with mouse nectin-like molecule 1 (mNecl-1) Ig1 domain, 3.3A
要素
  • Cell adhesion molecule 3
  • Cell adhesion molecule 4
キーワードCELL ADHESION / cell adhesion molecule / glycoprotein / Ig domain / SynCam / CADM / Nectin-like / Necl-4 / Necl-1 / axon / Schwann Cell / Molecular Replacement / myelogenesis / heterogeneous dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Nectin/Necl trans heterodimerization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Adherens junctions interactions / regulation of Rac protein signal transduction / synaptic membrane adhesion / cell-cell contact zone / regulation of wound healing / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation ...negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Nectin/Necl trans heterodimerization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Adherens junctions interactions / regulation of Rac protein signal transduction / synaptic membrane adhesion / cell-cell contact zone / regulation of wound healing / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of cell motility / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / parallel fiber to Purkinje cell synapse / cell leading edge / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein phosphorylation / synaptic membrane / receptor tyrosine kinase binding / intracellular protein localization / cell-cell junction / regulation of cell population proliferation / presynaptic membrane / protein phosphatase binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule 4 / Cell adhesion molecule 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. ...Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. / Yin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Yuan, J. / Qiang, B. / Shu, P. / Cui, S. / Peng, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program2016YFA0100702,2016YFC0902502 中国
National Key Basic Research Program2013CB531304 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure of the heterophilic interaction between the nectin-like 4 and nectin-like 1 molecules.
著者: Liu, X. / An, T. / Li, D. / Fan, Z. / Xiang, P. / Li, C. / Ju, W. / Li, J. / Hu, G. / Qin, B. / Yin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Yuan, J. / Qiang, B. / Shu, P. / Cui, S. / Peng, X.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell adhesion molecule 4
C: Cell adhesion molecule 4
B: Cell adhesion molecule 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1764
ポリマ－82,6053
非ポリマー5711
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area31980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)207.483, 207.483, 52.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-274-

GLU

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要素

#1: タンパク質 Cell adhesion molecule 4 / Immunoglobulin superfamily member 4C / IgSF4C / Nectin-like protein 4 / NECL-4 / TSLC1-like protein 2


分子量: 33303.145 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domains (Ig1-Ig3) / 変異: N31Q, N262Q, N286Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Brain Kidney Spleen / 遺伝子: Cadm4, Igsf4c, Necl4, Tsll2 / 器官: Brain Kidney Spleen / プラスミド: pFast-Bac 1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8R464
#2: タンパク質 Cell adhesion molecule 3 / Nectin-like protein 1 / Immunoglobulin superfamily member 4B / IgSF4B / NECL-1 / Synaptic cell ...Nectin-like protein 1 / Immunoglobulin superfamily member 4B / IgSF4B / NECL-1 / Synaptic cell adhesion molecule 3 / TSLC1-like protein 1


分子量: 15998.754 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Brain / 遺伝子: Cadm3, Igsf4b, Necl1, Syncam3, Tsll1 / 器官: Brain / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99N28
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.78 % / 解説: hexagonal prisms-like crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M HEPES Sodium Salt ,pH7.5, 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→49.836 Å / Num. obs: 19407 / % possible obs: 97.19 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.68 % / Biso Wilson estimate: 64.79 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.96
反射 シェル解像度: 3.29→3.49 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 1.074 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 3096 / CC1/2: 0.613 / Χ2: 0.89 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z9M

1z9m


解像度: 3.29→49.84 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1003 5.17 %Random
Rwork0.243 ---
obs0.246 19399 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4553 0 38 0 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114681
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6216383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0932852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2937-3.46730.38061420.30512591X-RAY DIFFRACTION98
3.4673-3.68450.37341250.28272645X-RAY DIFFRACTION98
3.6845-3.96890.35571640.2782624X-RAY DIFFRACTION98
3.9689-4.36810.28231310.22252656X-RAY DIFFRACTION98
4.3681-4.99960.26031430.20352607X-RAY DIFFRACTION97
4.9996-6.2970.24181380.22912636X-RAY DIFFRACTION97
6.297-49.84150.31051600.24442637X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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