ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | 0.6.2データスケーリング | REFMAC | 5.8.0189精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | MOSFLM | | データ削減 | MOLREP | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MB6 解像度: 2.05→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 11.233 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.1654 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.155 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2283 | 651 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1855 | - | - | - |
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obs | 0.1876 | 13011 | 97.86 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 102.09 Å2 / Biso mean: 58.491 Å2 / Biso min: 36.35 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.76 Å2 | 0 Å2 | -0.78 Å2 |
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2- | - | -1.79 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.53 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→48.57 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1343 | 0 | 11 | 10 | 1364 |
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Biso mean | - | - | 65.72 | 49.45 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 178 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.013 | 0.019 | 1378 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 1321 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.589 | 2 | 1872 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.708 | 3 | 3056 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.242 | 5 | 177 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.701 | 24.118 | 51 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.823 | 15 | 229 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg19.741 | 15 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.085 | 0.2 | 223 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.021 | 1519 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 267 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.283 | 44 | - |
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Rwork | 0.287 | 930 | - |
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all | - | 974 | - |
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obs | - | - | 94.29 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.0714 Å / Origin y: -0.1791 Å / Origin z: 7.3287 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.158 Å2 | -0.0494 Å2 | 0.0774 Å2 | - | 0.1965 Å2 | -0.0565 Å2 | - | - | 0.0584 Å2 |
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L | 1.5642 °2 | 0.0565 °2 | -0.7315 °2 | - | 0.7239 °2 | -0.4273 °2 | - | - | 1.0966 °2 |
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S | 0.2726 Å ° | -0.1039 Å ° | 0.0724 Å ° | 0.1614 Å ° | -0.1874 Å ° | 0.1839 Å ° | -0.1049 Å ° | -0.0742 Å ° | -0.0852 Å ° |
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