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- PDB-5zmd: Crystal structure of FTO in complex with m6dA modified ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zmd
タイトルCrystal structure of FTO in complex with m6dA modified ssDNA
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / RNA demetheylase FTO / m6A / substrate preference / RNA BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / snRNA processing / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / temperature homeostasis / mRNA destabilization / regulation of multicellular organism growth / adipose tissue development / ferrous iron binding / transferase activity / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FTO C-terminal domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily ...FTO C-terminal domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / DNA / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, X. / Wei, L.H. / Luo, J. / Xiao, Y. / Liu, J. / Zhang, W. / Zhang, L. / Jia, G.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21432002 中国
National Natural Science Foundation of China21722802 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into FTO's catalytic mechanism for the demethylation of multiple RNA substrates.
著者: Zhang, X. / Wei, L.H. / Wang, Y. / Xiao, Y. / Liu, J. / Zhang, W. / Yan, N. / Amu, G. / Tang, X. / Zhang, L. / Jia, G.
履歴
登録2018年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
B: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
E: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
G: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
H: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,93616
ポリマ－224,1288
非ポリマー8088
水32418
1
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
B: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4688
ポリマ－112,0644
非ポリマー4044
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
G: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
H: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4688
ポリマ－112,0644
非ポリマー4044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.736, 160.033, 276.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / Fat mass and obesity-associated protein


分子量: 53312.223 Da / 分子数: 4 / 変異: Q86K, Q306K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTO, KIAA1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*(6MA)P*TP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2719.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 41219 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.017 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.811 / Rsym value: 1.224 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LFM

3lfm


解像度: 3.3→35.17 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 2051 5 %
Rwork0.271 --
obs0.272 41003 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→35.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13034 732 44 18 13828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02114203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.09719372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.125314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1192097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2978-3.37450.36831220.38212322X-RAY DIFFRACTION91
3.3745-3.45880.38091470.35272565X-RAY DIFFRACTION100
3.4588-3.55220.32661420.34142594X-RAY DIFFRACTION100
3.5522-3.65660.33691360.32012578X-RAY DIFFRACTION100
3.6566-3.77450.34861270.31122577X-RAY DIFFRACTION100
3.7745-3.90930.37211250.30972632X-RAY DIFFRACTION100
3.9093-4.06560.29741460.27242600X-RAY DIFFRACTION100
4.0656-4.25030.29071220.26262586X-RAY DIFFRACTION100
4.2503-4.4740.23491240.25022622X-RAY DIFFRACTION100
4.474-4.75370.251290.24132644X-RAY DIFFRACTION100
4.7537-5.11970.28721300.25122606X-RAY DIFFRACTION100
5.1197-5.6330.26791410.26752637X-RAY DIFFRACTION100
5.633-6.44380.31511610.27242624X-RAY DIFFRACTION100
6.4438-8.10210.26111490.26012667X-RAY DIFFRACTION100
8.1021-35.16820.25331500.2222698X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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