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- PDB-5zl9: Engineered chitinase, SmChiAB-FYSFV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zl9
タイトルEngineered chitinase, SmChiAB-FYSFV
要素Chitinase AB
キーワードHYDROLASE / Chitinase / engineered protein
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kawai, F. / Nakamura, A. / Iino, R.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP15H06898 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP17K18429 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP17H05899 日本
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2018
タイトル: Engineered chitinase, SmChiAB-FYSFV
著者: Kawai, F. / Nakamura, A. / Iino, R.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase AB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8888
ポリマ－67,2431
非ポリマー6457
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.770, 190.030, 132.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Chitinase AB


分子量: 67243.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4-0.7 M Sodium citrate 5-10% MeOH / PH範囲: 6.4 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.51 Å / Num. obs: 28365 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.7 % / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique obs: 4480 / Rsym value: 0.963 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データ削減
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180307データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EIB

1eib


解像度: 2.6→47.508 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 2688 4.99 %
Rwork0.1664 --
obs0.1688 28365 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4563 0 42 205 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8826431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3433743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5987-2.64590.30131340.27732605X-RAY DIFFRACTION96
2.6459-2.69680.25531410.23712709X-RAY DIFFRACTION100
2.6968-2.75190.28761480.23352716X-RAY DIFFRACTION100
2.7519-2.81170.28431350.22682652X-RAY DIFFRACTION100
2.8117-2.87710.27461430.21972762X-RAY DIFFRACTION100
2.8771-2.9490.23971400.20232614X-RAY DIFFRACTION100
2.949-3.02870.28871390.19652733X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.11790.23871430.20492725X-RAY DIFFRACTION100
3.1179-3.21850.29521410.18832691X-RAY DIFFRACTION100
3.2185-3.33350.2611410.19142698X-RAY DIFFRACTION100
3.3335-3.46690.25481390.18192703X-RAY DIFFRACTION100
3.4669-3.62460.20961460.15592726X-RAY DIFFRACTION100
3.6246-3.81570.16741460.14122669X-RAY DIFFRACTION100
3.8157-4.05460.16851440.13372717X-RAY DIFFRACTION100
4.0546-4.36750.17371400.12462692X-RAY DIFFRACTION100
4.3675-4.80660.16631440.11852711X-RAY DIFFRACTION100
4.8066-5.50120.15281450.13212701X-RAY DIFFRACTION100
5.5012-6.92750.18521410.1612707X-RAY DIFFRACTION100
6.9275-47.51540.21251380.16052700X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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