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- PDB-5zkj: Human EXOG-H140A in complex with RNA/DNA hybrid duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zkj
タイトルHuman EXOG-H140A in complex with RNA/DNA hybrid duplex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
  • Nuclease EXOG, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*AP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*G)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / Enzyme-substrate complex / Mitochondrial exonuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein-containing complex / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Wu, C.C. / Lin, J.L.J. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: A unique exonuclease ExoG cleaves between RNA and DNA in mitochondrial DNA replication.
著者: Wu, C.C. / Lin, J.L.J. / Yang-Yen, H.F. / Yuan, H.S.
履歴
登録2018年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease EXOG, mitochondrial
B: Nuclease EXOG, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*AP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
E: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*AP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4989
ポリマ－93,4146
非ポリマー843
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area32830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.576, 167.576, 105.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 6分子 ABCEDF

#1: タンパク質 Nuclease EXOG, mitochondrial / Endonuclease G-like 1 / Endo G-like 1


分子量: 39216.262 Da / 分子数: 2 / 変異: H140A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOG, ENDOGL1, ENDOGL2, ENGL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*GP*AP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3867.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3623.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 22% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月20日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→30 Å / Num. obs: 25994 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.934 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.798→2.88 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 1.747 / Num. unique obs: 2202 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.435 / Rrim(I) all: 0.64 / Χ2: 0.999 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T4I

5t4i


解像度: 2.798→28.434 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 1340 5.16 %Random selection
Rwork0.1806 ---
obs0.1831 25986 95.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→28.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4807 1000 3 50 5860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4878419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.773523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04935
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003921
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7978-2.89770.32741490.28942404X-RAY DIFFRACTION94
2.8977-3.01360.30991260.26352550X-RAY DIFFRACTION98
3.0136-3.15060.32511310.23632572X-RAY DIFFRACTION99
3.1506-3.31650.29281290.22412550X-RAY DIFFRACTION98
3.3165-3.52390.24211140.20882520X-RAY DIFFRACTION97
3.5239-3.79540.23531190.19272518X-RAY DIFFRACTION97
3.7954-4.17630.23841870.17162397X-RAY DIFFRACTION95
4.1763-4.77820.21231340.14972409X-RAY DIFFRACTION93
4.7782-6.01060.21421290.15662415X-RAY DIFFRACTION93
6.0106-28.43530.17141220.15842311X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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