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- PDB-5zjv: Crystal structure of the catalytic domain of MCR-1 (cMCR-1) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjv
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of MCR-1 (cMCR-1) in complex with xylose
要素Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
キーワードTRANSFERASE / MCR-1 / xylose / complex / colistin resistance / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A phosphoethanolamine transferase / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine transferase, N-terminal / Phosphoethanolamine transferase EptA/EptB / Phosphoethanolamine transferase / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-xylopyranose / Phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Liu, Z.X. / Han, Z. / Yu, X.L. / Wen, G. / Zeng, C.
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of MCR-1 (cMCR-1) in Complex with d-Xylose
著者: Liu, Z.X. / Han, Z. / Yu, X.L. / Wen, G. / Zeng, C.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3303
ポリマ－37,1141
非ポリマー2162
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area13980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.580, 73.130, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / cMCR-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1


分子量: 37114.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 糖 ChemComp-LXC / beta-L-xylopyranose / beta-L-xylose / L-xylose / xylose / L-XYLOSE (CYCLIC FORM) / β-L-キシロピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→43.71 Å / Num. obs: 28258 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 13.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.03472 / Rrim(I) all: 0.0491 / Net I/σ(I): 10.61
反射 シェル解像度: 1.82→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.1112 / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / Num. unique obs: 2789 / CC1/2: 0.949 / Rrim(I) all: 0.1573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GRR

5grr


解像度: 1.82→43.71 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 1997 7.08 %
Rwork0.1476 --
obs0.1502 28224 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→43.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 11 389 3004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8913960
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4851738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.86550.22161410.17931863X-RAY DIFFRACTION99
1.8655-1.9160.23291400.16671840X-RAY DIFFRACTION99
1.916-1.97240.19761410.1541841X-RAY DIFFRACTION99
1.9724-2.0360.19361410.1521848X-RAY DIFFRACTION99
2.036-2.10880.16971380.15521821X-RAY DIFFRACTION98
2.1088-2.19320.19541410.14561845X-RAY DIFFRACTION98
2.1932-2.2930.1741400.14261852X-RAY DIFFRACTION98
2.293-2.41390.21721400.15041827X-RAY DIFFRACTION98
2.4139-2.56520.20421410.1521855X-RAY DIFFRACTION97
2.5652-2.76320.20971430.15041877X-RAY DIFFRACTION99
2.7632-3.04130.17631450.14291905X-RAY DIFFRACTION100
3.0413-3.48130.15761440.13731895X-RAY DIFFRACTION99
3.4813-4.38580.15331480.12781934X-RAY DIFFRACTION100
4.3858-54.6910.19891540.15972024X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.984 Å / Origin y: 0.9163 Å / Origin z: 2.7269 Å
111213212223313233
T0.0729 Å20.0087 Å20.001 Å2-0.0529 Å2-0.0111 Å2--0.0613 Å2
L1.0198 °20.3207 °2-0.1062 °2-0.7969 °2-0.1584 °2--0.8868 °2
S-0.0081 Å °-0.0266 Å °0.0144 Å °0.0446 Å °0.0006 Å °-0.0128 Å °0.0201 Å °0.0212 Å °0.0094 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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