PDB-5zj5: Guanine-specific ADP-ribosyltransferase with NADH and GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zj5

タイトル

Guanine-specific ADP-ribosyltransferase with NADH and GDP

要素

ADP-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase / TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor A3

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56811199264 Å

データ登録者

Yoshida, T. / Tsuge, H.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Substrate N2atom recognition mechanism in pierisin family DNA-targeting, guanine-specific ADP-ribosyltransferase ScARP.
著者: Yoshida, T. / Tsuge, H.

履歴

登録	2018年3月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zj5.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zj5.ent.gz	117.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zj4C 5dazS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ash-d 5vpi-1 5vpy-1 5jvt-2 3aly-2 5vpi-2 5vq6-1 6ynn-1 3u3g-2 4xbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyltransferase

B: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.197, 40.049, 77.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.967, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	ADP-ribosyltransferase / ScARP 分子量: 18449.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q9L1E4
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: ammonium acetate, PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.568→27.15 Å / Num. obs: 45603 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.5655514862 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.02819 / R_rim(I) all: 0.06696 / Net I/σ(I): 24.54
反射シェル	解像度: 1.568→1.624 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.53 / Num. unique obs: 4374 / CC_1/2: 0.896 / R_pim(I) all: 0.1828 / R_rim(I) all: 0.4217 / % possible all: 96.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
REFMAC		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DAZ

5daz

解像度: 1.56811199264→27.1493266712 Å / SU ML: 0.147343210589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3473636464 / 位相誤差: 19.4471045058
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208409667716	2000	4.38577255384 %
R_work	0.173661767563	43602	-
obs	0.1751746266	45602	99.5937800297 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.9712093339 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56811199264→27.1493266712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2539	0	116	225	2880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0125022831277	2769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.44444582637	3803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0804886266371	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00979572384894	486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3826669074	1898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5681-1.6073	0.221326143447	137	0.192076322647	2981	X-RAY DIFFRACTION	95.322531336
1.6073-1.6508	0.192268187788	139	0.176270731419	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.8744901161
1.6508-1.6993	0.219569350624	144	0.17037285092	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6993-1.7542	0.213756293705	142	0.176456353259	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.969164354
1.7542-1.8169	0.193567476048	143	0.167040798419	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8169-1.8896	0.223029019998	142	0.167479821849	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.9690498298
1.8896-1.9756	0.220736486463	142	0.165867625198	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9756-2.0797	0.222840247572	143	0.177750255416	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0797-2.2099	0.228407589039	144	0.180860215436	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2099-2.3805	0.211032921657	142	0.176209421569	3111	X-RAY DIFFRACTION	99.9078624079
2.3805-2.6199	0.233132905111	144	0.188565763742	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6199-2.9985	0.203899083894	144	0.192968034293	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.9089253188
2.9985-3.7762	0.206092103718	145	0.180185681663	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.8788245986
3.7762-27.1534	0.18378754719	149	0.149117447624	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.5016124304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.20971616818	-4.16881536296	-4.34188260742	7.26372670437	3.92845705856	7.58073405235	0.05227907089	0.403551228021	-0.855999830332	-0.392618335381	-0.0959922276441	0.41588807459	0.562794946214	-0.372626905589	0.00296821766478	0.343721541914	-0.0696331182018	-0.10975185916	0.238322575993	-0.0108489537388	0.329092915172	-123.836754342	10.7349279339	16.9194104418
2	2.1841505106	-0.232683068106	1.28473080552	2.22769959567	0.246211129203	2.71807047637	0.0960820769266	0.0576295100025	-0.317625458142	-0.00759378710613	-0.0283638732495	0.445572695263	0.203207729791	-0.394742198802	-0.101054226308	0.146447979713	-0.0275511793667	-0.00568544345586	0.184837578145	-0.00544691524246	0.23408257777	-128.173710241	19.3911860261	15.0551347398
3	4.5064270878	-1.63852505272	-1.15209977136	6.51172643274	1.03267882083	5.21028485832	-0.0391589316429	-0.208877046307	0.0765592321535	0.487505781871	0.0457910482667	0.124279316798	-0.277048925394	-0.335782625164	-0.0276772942163	0.105554827652	0.0214328958001	-0.0149400077869	0.0936956696432	-0.0159257351256	0.117639616727	-119.11617931	27.8196264723	30.513932371
4	3.43594374955	-1.72901392766	3.98788945423	1.01514172016	-1.88823686513	4.76766372789	0.0604879562817	-0.143839958045	-0.311782683578	0.0935071145738	0.236263841301	0.51933294459	-0.17788975478	-0.716228475263	-0.262456607491	0.157617511078	0.0573324943293	0.0309602091713	0.316882273351	0.0267091534248	0.282883015759	-133.056413621	28.1983293443	21.1518260186
5	5.07535565563	-2.94054126106	2.18103699459	4.16983372006	-1.70269871697	1.02555715652	0.044965889906	0.0582341008605	0.011526700312	-0.0185421442294	-0.00604201957253	0.254617003019	-0.183107643779	-0.347815652511	-0.0414034158657	0.130380665856	0.0703100470718	-0.00409023931955	0.195750436318	-0.0204945751501	0.134315493064	-127.669177637	31.7553343219	15.1999210578
6	1.19675861076	0.405205624147	0.488470910714	0.462073192756	-0.519711960464	1.28805675408	0.0341699936272	0.0111116388764	0.0754970148418	0.158840057723	-0.00895563578927	0.0551519461957	-0.153267735472	-0.0437506188218	-0.0239828729392	0.133054282143	0.023220680217	0.00845084639491	0.0687909471674	-0.00589976802096	0.120864714233	-114.244025597	29.6492031676	21.553591784
7	1.46463907906	-0.156639716695	0.883166941158	0.731443314986	-0.480835745454	3.66297534204	-0.00833648492885	0.0885051599783	-0.0125395124772	0.0161074012952	0.0518707973973	0.0895475193472	-0.146011864159	-0.285161809093	-0.0416162313536	0.113127930718	0.0375365473951	0.0183799612333	0.0905616778528	-0.00615399778011	0.129260953078	-119.818262072	27.3191287941	16.3083445121
8	1.79423447744	-1.97736882776	0.244565303423	5.04655294416	-1.80310970591	0.91988827419	-0.0236475835387	-0.0142957679629	0.22928327585	0.0350835264076	0.0379959477548	-0.0428917149181	-0.421516828022	0.133196123645	-0.03001807825	0.226558229943	-0.00785882424119	-0.0265678005701	0.0943094269244	-0.0166992185429	0.159659192937	-105.633043383	36.3504678082	28.9940399004
9	3.32804979285	0.0541150859891	0.990162404637	0.488254842123	-1.06530920164	4.90501077504	0.117147554597	-0.0883566865879	-0.0983204916912	0.132985542731	-0.0275435949094	0.192374202219	0.29410305496	-0.251437511249	-0.098059754868	0.136628108267	0.0191266428693	0.0157560561493	0.0624049247513	0.00837312553673	0.142648429012	-114.602280398	16.5454750348	30.605667103
10	6.26301860515	0.97558613978	-5.25557370701	2.49022468202	1.16840237436	6.19981264396	-0.0170337698078	0.585330364242	0.53577599093	-0.0862153753461	-0.136206882514	-0.362206231399	-0.81022106956	0.933562280388	-0.277016829263	0.285195124209	-0.0681924538505	0.0549131511827	0.46340739441	0.103508867468	0.249675731975	-86.3542704355	33.7497203672	9.73082705478
11	2.27063236431	-0.429464683609	-0.859334763452	0.857308626624	0.405924252489	2.0626308209	0.0771557835196	0.363715082288	0.00243336675242	-0.11167788302	-0.0835288568825	-0.139219054402	0.176424015807	0.445985931969	0.0135174544943	0.165330893068	0.0780436091089	0.00763014119379	0.274909986012	0.00890171865274	0.145425903897	-88.7187864856	22.0181424394	13.9614101894
12	2.09070526131	0.294793282316	-0.264767436316	0.63351601542	-0.088648108622	3.2728206906	0.0385650059903	0.172615449308	-0.059649090801	-0.0556179056116	-0.0197134070893	-0.0341203355815	0.184110550501	0.148519079747	0.00762329693166	0.118303600781	0.044487212511	-0.00696031775793	0.0833481603022	0.00071422834163	0.112225658054	-97.9704621116	23.182633924	19.48941031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 124 through 148 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 149 through 181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 182 through 193 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 194 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 45 through 65 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 66 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 124 through 204 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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