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- PDB-5zix: Crystal structure of Ketopantoate reductase from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zix
タイトルCrystal structure of Ketopantoate reductase from Pseudomonas aeruginosa bound to NADP+
要素Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-dehydropantoate 2-reductase / panthothenate biosythesis pathway / NADP+ / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Khanppnavar, B. / Datta, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and TechnologySB/SO/BB-36/2014 インド
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Genome-wide survey and crystallographic analysis suggests a role for both horizontal gene transfer and duplication in pantothenate biosynthesis pathways.
著者: Khanppnavar, B. / Chatterjee, R. / Choudhury, G.B. / Datta, S.
履歴
登録2018年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
C: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0808
ポリマ－99,3173
非ポリマー1,7635
水5,927329
1
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1255
ポリマ－33,1061
非ポリマー1,0204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
2
B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8492
ポリマ－33,1061
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
3
C: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1061
ポリマ－33,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.873, 130.873, 155.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

21B-623-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable 2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase / KPR


分子量: 33105.621 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: panE, PA4397 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW09, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.3M Sodium-Potassium-Tartarate, 50mM BICINE pH 7.5 / PH範囲: 7.0-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→48.15 Å / Num. obs: 44028 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.56→2.6 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1735 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.504 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KS9

1ks9


解像度: 2.57→40.598 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 1224 2.97 %
Rwork0.2117 --
obs0.2129 41248 94.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→40.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6984 0 114 329 7427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4339829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1462712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5697-2.67260.35341250.34263991X-RAY DIFFRACTION87
2.6726-2.79420.38481270.30564103X-RAY DIFFRACTION89
2.7942-2.94150.29161290.28524276X-RAY DIFFRACTION93
2.9415-3.12570.30661360.25984406X-RAY DIFFRACTION95
3.1257-3.3670.27821420.23664452X-RAY DIFFRACTION96
3.367-3.70560.27761360.20774531X-RAY DIFFRACTION97
3.7056-4.24130.21171370.17654627X-RAY DIFFRACTION98
4.2413-5.34170.18921430.15954712X-RAY DIFFRACTION99
5.3417-40.60310.21481490.18424926X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.7224 Å / Origin y: 53.6557 Å / Origin z: 21.706 Å
111213212223313233
T0.2227 Å2-0.0224 Å2-0.0067 Å2-0.3392 Å2-0.0243 Å2--0.1802 Å2
L1.6525 °2-0.1221 °2-0.2052 °2-0.4293 °20.0991 °2--0.2567 °2
S0.0453 Å °-0.157 Å °0.1517 Å °0.0248 Å °0.0193 Å °-0.0121 Å °0.0052 Å °0.0571 Å °-0.0598 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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