PDB-5ziq: Crystal structure of hexacoordinated heme protein from anhydrobio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ziq

タイトル

Crystal structure of hexacoordinated heme protein from anhydrobiotic tardigrade at pH 4

要素

Globin protein

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Globin / Tardigrade / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kim, J. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of Kumaglobin: a hexacoordinated heme protein from an anhydrobiotic tardigrade, Ramazzottius varieornatus.
著者: Kim, J. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

履歴

登録	2018年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ziq.cif.gz	325 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ziq.ent.gz	266.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ziq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ziq_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ziq_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	5ziq_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	5ziq_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5ziq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zm9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oj6-2 5yci-2 5ycj-2 6y4r-6 5ngo-6 3kzy-1 6h6c-d 6hlt-2 1oj6-4 1j7j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
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#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Globin protein

B: Globin protein

C: Globin protein

D: Globin protein

ヘテロ分子

84.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Globin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Globin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Globin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Globin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.359, 59.185, 67.521
Angle α, β, γ (deg.)	115.36, 97.98, 97.43
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Globin protein 分子量: 20268.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物) 遺伝子: RvY_09119-1, RvY_09119.1, RvY_09119 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1D1V896
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50.01 Å / Num. obs: 91088 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.01
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.082

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19392	4443	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14682	-	-	-
obs	0.14914	86645	96.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	-0.17 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0.09 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5131	0	219	644	5994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.412	2.043	8341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.44	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.793	23.825	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.216	15	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.964	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.52	1.625	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.014	2.43	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.073	1.887	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.328	14.933	10733
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.381	3	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.921	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.585	5	6349

LS精密化シェル

解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	337	-
R_work	0.189	6173	-
obs	-	-	93.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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