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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ziq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hexacoordinated heme protein from anhydrobiotic tardigrade at pH 4 | ||||||
![]() | Globin protein![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, J. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Kumaglobin: a hexacoordinated heme protein from an anhydrobiotic tardigrade, Ramazzottius varieornatus. 著者: Kim, J. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20268.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RvY_09119-1, RvY_09119.1, RvY_09119 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.21 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.5→50.01 Å / Num. obs: 91088 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / CC1/2: 0.838 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.445 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→50.01 Å
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拘束条件 |
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