PDB-5zi1: Crystal structure of Bacillus thuringiensis insecticidal crystal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zi1

タイトル

Crystal structure of Bacillus thuringiensis insecticidal crystal protein Cry7Ca1 (wild type)

要素

insecticidal crystal protein Cry7Cal

キーワード

TOXIN / insecticidal crystal protein

機能・相同性

機能・相同性情報

sporulation resulting in formation of a cellular spore / : / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Jing, X. / Gao, M. / Gong, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of Bacillus thuringiensis Cry7Ca1 toxin active against Locusta migratoria manilensis.
著者: Jing, X. / Yuan, Y. / Wu, Y. / Wu, D. / Gong, P. / Gao, M.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zi1.cif.gz	261.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zi1.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zi1_validation.pdf.gz	789.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zi1_full_validation.pdf.gz	802.7 KB	表示
XML形式データ	5zi1_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	5zi1_validation.cif.gz	71.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/5zi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dlcS 3eb7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o5h-1 3b7r-d 1h19-d 3fun-d 4r7l-d 3fhe-d 3fui-d 4rvb-d 5nie-2 5fwq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: insecticidal crystal protein Cry7Cal

B: insecticidal crystal protein Cry7Cal

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: insecticidal crystal protein Cry7Cal

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
68.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: insecticidal crystal protein Cry7Cal

登録者が定義した集合体
68.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.261, 235.959, 69.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	insecticidal crystal protein Cry7Cal 分子量: 68800.617 Da / 分子数: 2 / 断片: Cry7Cal toxin, UNP residues 55-641 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: cry / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: A9Q1Y3
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 % / Mosaicity: 0.589 °
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 / 詳細: NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→43.54 Å / Num. obs: 79251 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.76 % / B_iso Wilson estimate: 47.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 1.18 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	3.81	0.439	2.1	7957	0.511	1.01	99.1
2.38-2.48	3.8	0.38	2.4		0.442	1.02	99.2
2.48-2.59	3.79	0.318	2.8		0.371	1.05	99.4
2.59-2.73	3.78	0.267	3.5		0.311	1.13	99.5
2.73-2.9	3.77	0.214	4.2		0.249	1.16	99.5
2.9-3.12	3.76	0.172	5.5		0.2	1.2	99.6
3.12-3.44	3.76	0.137	7.4		0.16	1.21	99.6
3.44-3.93	3.75	0.116	9.3		0.136	1.16	99.8
3.93-4.95	3.72	0.108	11.4		0.127	1.3	99.7
4.95-43.54	3.62	0.087	15.4		0.103	1.57	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.9.4D	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155: ???	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
d*TREK	9.9.9.4D	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLC, 3EB7

1dlc

3eb7

解像度: 2.3→40.796 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	3969	5.01 %
R_work	0.1891	-	-
obs	0.1913	79147	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.6 Å² / B_iso mean: 57.1714 Å² / B_iso min: 30.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→40.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9372	0	4	753	10129
B_iso mean	-	-	57.24	59.3	-
残基数	-	-	-	-	1180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9627
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	13085
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.586	5694

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3281	0.365	131	0.3085	2644	2775	99
2.3281-2.3575	0.3604	138	0.2981	2677	2815	99
2.3575-2.3885	0.3293	141	0.284	2664	2805	99
2.3885-2.4213	0.3094	137	0.2727	2653	2790	99
2.4213-2.4558	0.316	145	0.2744	2700	2845	99
2.4558-2.4925	0.3271	115	0.2734	2691	2806	99
2.4925-2.5314	0.3143	159	0.2648	2657	2816	99
2.5314-2.5729	0.3299	131	0.2501	2702	2833	99
2.5729-2.6173	0.2793	137	0.2393	2664	2801	100
2.6173-2.6649	0.2818	148	0.2419	2684	2832	99
2.6649-2.7161	0.3124	139	0.2345	2665	2804	99
2.7161-2.7715	0.2957	137	0.2353	2717	2854	99
2.7715-2.8318	0.2875	132	0.2421	2663	2795	100
2.8318-2.8977	0.3564	129	0.244	2732	2861	99
2.8977-2.9701	0.2833	147	0.2413	2674	2821	99
2.9701-3.0504	0.2804	144	0.2209	2687	2831	100
3.0504-3.1401	0.2864	136	0.2119	2711	2847	100
3.1401-3.2414	0.2525	143	0.2117	2698	2841	100
3.2414-3.3572	0.2526	146	0.1836	2666	2812	100
3.3572-3.4916	0.2365	152	0.1883	2690	2842	100
3.4916-3.6504	0.2295	157	0.1724	2699	2856	100
3.6504-3.8427	0.2273	134	0.1578	2714	2848	100
3.8427-4.0832	0.2014	156	0.1575	2702	2858	100
4.0832-4.3982	0.1771	158	0.1372	2665	2823	100
4.3982-4.8401	0.1426	146	0.1374	2693	2839	100
4.8401-5.539	0.2012	143	0.1472	2696	2839	100
5.539-6.9729	0.207	164	0.1865	2692	2856	99
6.9729-40.8027	0.2136	124	0.1836	2678	2802	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)