PDB-5zhb: Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovora...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zhb

タイトル

Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovorans B4167

要素

Cellobiose 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / epimerization / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldibacillus thermoamylovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovorans B4167
著者: Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _cell.angle_beta / _chem_comp.formula ..._cell.angle_beta / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.name / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zhb.cif.gz	181.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zhb.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zhb_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zhb_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	5zhb_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	5zhb_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/5zhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/5zhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mww-d 5mul-d 5mvh-d 4irt-d 4jhn-1 4ayr-d 5x32-1 3vw5-3 2aaj-1 3mjz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cellobiose 2-epimerase

B: Cellobiose 2-epimerase

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellobiose 2-epimerase

登録者が定義した集合体
根拠: homology
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellobiose 2-epimerase

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.979, 52.336, 129.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.945, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cellobiose 2-epimerase / CE 分子量: 46316.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldibacillus thermoamylovorans (バクテリア) 遺伝子: B4166_1736, B4167_1620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D0GHZ5, cellobiose epimerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Trimethylamine-N-oxide, 0.1M Tris-HCl, pH8.5,20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 83031 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.17 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.72
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.11 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 5958 / CC_1/2: 0.794 / R_rim(I) all: 0.729 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→39.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.181 / SU B: 3.886 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.9536 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2385	3916	5.107 %	RANDOM
R_work	0.1964	72768	-	-
all	0.199	-	-	-
obs	-	76684	98.147 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.011 Å²	-0 Å²	0.006 Å²
2-	-	-0.044 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6529	0	0	213	6742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	1.831	9235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.602	1.787	14067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.616	5	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.923	5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.971	10	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.013	10	389
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.928	3.222	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.928	3.221	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.214	5.775	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.214	5.776	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.541	3.52	3653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.541	3.52	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.555	6.305	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.554	6.305	5273
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.362	31.034	7985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.267	30.89	7960

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.337	290	0.321	5348	0.322	5696	0.919	0.922	98.9817	0.276
1.898-1.95	0.335	309	0.294	5237	0.296	5605	0.918	0.938	98.9474	0.252
1.95-2.006	0.307	287	0.267	5089	0.269	5452	0.939	0.95	98.606	0.227
2.006-2.068	0.282	239	0.251	4938	0.253	5241	0.942	0.958	98.7789	0.213
2.068-2.135	0.27	248	0.229	4741	0.231	5119	0.956	0.967	97.4604	0.197
2.135-2.21	0.267	233	0.222	4448	0.225	4951	0.95	0.968	94.5466	0.191
2.21-2.293	0.259	270	0.214	4488	0.217	4796	0.961	0.972	99.2077	0.186
2.293-2.387	0.268	241	0.207	4345	0.211	4622	0.957	0.974	99.2211	0.18
2.387-2.492	0.216	226	0.186	4172	0.188	4444	0.971	0.979	98.9649	0.16
2.492-2.613	0.244	203	0.184	3960	0.187	4212	0.967	0.979	98.8367	0.164
2.613-2.754	0.267	200	0.192	3770	0.196	4036	0.958	0.978	98.3647	0.172
2.754-2.92	0.245	179	0.197	3472	0.199	3801	0.959	0.976	96.0537	0.179
2.92-3.121	0.271	188	0.195	3356	0.199	3581	0.957	0.977	98.9668	0.182
3.121-3.369	0.24	177	0.198	3123	0.201	3338	0.964	0.975	98.8616	0.189
3.369-3.688	0.23	164	0.198	2910	0.2	3126	0.968	0.978	98.3365	0.193
3.688-4.119	0.195	128	0.169	2569	0.171	2796	0.977	0.984	96.4592	0.172
4.119-4.747	0.193	111	0.145	2354	0.147	2513	0.981	0.988	98.0899	0.151
4.747-5.794	0.211	114	0.17	1986	0.172	2127	0.979	0.986	98.7306	0.176
5.794-8.107	0.21	75	0.183	1520	0.184	1665	0.978	0.983	95.7958	0.189
8.107-39.63	0.128	34	0.161	942	0.16	998	0.991	0.985	97.7956	0.181

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関連情報:EMDBヘッダ

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