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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zhb | |||||||||
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タイトル | Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovorans B4167 | |||||||||
![]() | Cellobiose 2-epimerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / epimerization / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovorans B4167 著者: Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46316.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: B4166_1736, B4167_1620 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Trimethylamine-N-oxide, 0.1M Tris-HCl, pH8.5,20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 83031 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.17 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 5958 / CC1/2: 0.794 / Rrim(I) all: 0.729 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.056 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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