[日本語] English
万見
- PDB-5zhb: Structure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovora... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhb
タイトルStructure of Cellobiose 2-Epimerase from Bacillus thermoamylovorans B4167
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / epimerization / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldibacillus thermoamylovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Feng, Y.H. / Yang, R.J. / Andrew, J.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Insight into the potential factors influencing the catalytic direction in cellobiose 2-epimerase by crystallization and mutagenesis.
著者: Feng, Y. / Hua, X. / Shen, Q. / Matthews, M. / Zhang, Y. / Fisher, A.J. / Lyu, X. / Yang, R.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _cell.angle_beta / _chem_comp.formula ..._cell.angle_beta / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.name / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length
改定 2.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
B: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6342
ポリマ－92,6342
非ポリマー00
水3,837213
1
A: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3171
ポリマ－46,3171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellobiose 2-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3171
ポリマ－46,3171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.979, 52.336, 129.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.945, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase / CE


分子量: 46316.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldibacillus thermoamylovorans (バクテリア)
遺伝子: B4166_1736, B4167_1620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D0GHZ5, cellobiose epimerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Trimethylamine-N-oxide, 0.1M Tris-HCl, pH8.5,20% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 83031 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.17 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.72
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 5958 / CC1/2: 0.794 / Rrim(I) all: 0.729 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.181 / SU B: 3.886 / SU ML: 0.112 / Average fsc free: 0.9536 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 3916 5.107 %RANDOM
Rwork0.1964 72768 --
all0.199 ---
obs-76684 98.147 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.056 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.011 Å2-0 Å20.006 Å2
2---0.044 Å2-0 Å2
3---0.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 0 213 6742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0126811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.8319235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6021.78714067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.923533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.971101160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.01310389
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.25702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.23317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.23391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1930.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9283.2223158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9283.2213157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2145.7753962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2145.7763963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5413.523653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5413.523654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5556.3055272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5546.3055273
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.36231.0347985
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.26730.897960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.3372900.32153480.32256960.9190.92298.98170.276
1.898-1.950.3353090.29452370.29656050.9180.93898.94740.252
1.95-2.0060.3072870.26750890.26954520.9390.9598.6060.227
2.006-2.0680.2822390.25149380.25352410.9420.95898.77890.213
2.068-2.1350.272480.22947410.23151190.9560.96797.46040.197
2.135-2.210.2672330.22244480.22549510.950.96894.54660.191
2.21-2.2930.2592700.21444880.21747960.9610.97299.20770.186
2.293-2.3870.2682410.20743450.21146220.9570.97499.22110.18
2.387-2.4920.2162260.18641720.18844440.9710.97998.96490.16
2.492-2.6130.2442030.18439600.18742120.9670.97998.83670.164
2.613-2.7540.2672000.19237700.19640360.9580.97898.36470.172
2.754-2.920.2451790.19734720.19938010.9590.97696.05370.179
2.92-3.1210.2711880.19533560.19935810.9570.97798.96680.182
3.121-3.3690.241770.19831230.20133380.9640.97598.86160.189
3.369-3.6880.231640.19829100.231260.9680.97898.33650.193
3.688-4.1190.1951280.16925690.17127960.9770.98496.45920.172
4.119-4.7470.1931110.14523540.14725130.9810.98898.08990.151
4.747-5.7940.2111140.1719860.17221270.9790.98698.73060.176
5.794-8.1070.21750.18315200.18416650.9780.98395.79580.189
8.107-39.630.128340.1619420.169980.9910.98597.79560.181

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る