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万見
- PDB-5zh5: CRYSTAL STRUCTURE OF PfKRS WITH INHIBITOR CLADO-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zh5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PfKRS WITH INHIBITOR CLADO-2
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / KRS / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9CX / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Babbar, P. / Malhotra, N. / Sharma, M. / Harlos, K. / Reddy, D.S. / Manickam, Y. / Sharma, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Specific Stereoisomeric Conformations Determine the Drug Potency of Cladosporin Scaffold against Malarial Parasite
著者: Das, P. / Babbar, P. / Malhotra, N. / Sharma, M. / Jachak, G.R. / Gonnade, R.G. / Shanmugam, D. / Harlos, K. / Yogavel, M. / Sharma, A. / Reddy, D.S.
履歴
登録2018年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3287
ポリマ－117,4142
非ポリマー9145
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area39190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.500, 130.360, 174.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 77 - 601 / Label seq-ID: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - E

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要素

#1: タンパク質 Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 58706.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFNF54_04763 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: W7JP72, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-9CX / (3S)-6,8-dihydroxy-3-{[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl}-3,4-dihydro-1H-2-benzopyran-1-one


分子量: 292.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O5
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Carboxylic acids, 0.1M Sodium HEPES/MOPS, 25%(v/v) MPD; 25% PEG 1000; 25%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→42.17 Å / Num. obs: 23820 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.25
反射 シェル解像度: 3.08→3.13 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 1153 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PG3

4pg3


解像度: 3.08→42.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 72.432 / SU ML: 0.554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.537 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1141 4.8 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.246 22625 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 93.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.11 Å20 Å20 Å2
2---3.63 Å20 Å2
3----13.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→42.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7358 0 63 0 7421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.96910432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0223.00216160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4375957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26324.235340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.545151194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5861535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26164 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 81 -
Rwork0.351 1625 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8896-0.4195-0.25382.48510.91472.7025-0.09920.0305-0.42210.38190.0728-0.03680.72720.13680.02640.20570.01490.02960.6037-0.03680.879521.629-5.233-17.254
21.2363-1.0624-1.08162.43171.14273.2270.13580.4818-0.1754-0.5184-0.17120.18310.0893-0.21170.03540.1557-0.0301-0.02770.707-0.11170.7513.8027.771-37.784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A77 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2B77 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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