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- PDB-5zfo: NMR structure of IRD12 from Capsicum annum. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zfo
タイトルNMR structure of IRD12 from Capsicum annum.
要素Pin-II type proteinase inhibitor 38
キーワードPLANT PROTEIN / PROTEIN / inhibitor / Capsicum annum
機能・相同性Proteinase inhibitor I20 / : / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Pin-II type proteinase inhibitor 38
機能・相同性情報
生物種Capsicum annuum (トウガラシ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Gartia, J. / Barnwal, R.P. / Chary, K.V.R.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2019
タイトル: NMR structure and dynamics of inhibitory repeat domain variant 12, a plant protease inhibitor from Capsicum annuum, and its structural relationship to other plant protease inhibitors.
著者: Gartia, J. / Anangi, R. / Joshi, R.S. / Giri, A.P. / King, G.F. / Barnwal, R.P. / Chary, K.V.R.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pin-II type proteinase inhibitor 38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4291
ポリマ－5,4291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3810 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pin-II type proteinase inhibitor 38 / IRD12


分子量: 5429.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capsicum annuum (トウガラシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1PZ86
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-15N HSQC
181isotropic13D HNCO
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HNHA
141isotropic13D HNHB
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.6 mM [U-13C; U-15N] IRD12, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C,15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.6 mM / 構成要素: IRD12 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 25 mM / Label: conditions_1 / pH: 4 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.97Bruker Biospincollection
TopSpin3.97Bruker Biospin解析
CcpNMRCCPNデータ解析
CcpNMRCCPNpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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