PDB-5zf2: Crystal structure of Trxlp from Edwardsiella tarda EIB202

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zf2

タイトル

Crystal structure of Trxlp from Edwardsiella tarda EIB202

要素

Thioredoxin (H-type,TRX-H)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like protein / T4SS effector / ASK1-MAPK signaling cascades.

機能・相同性

Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin (H-type,TRX-H)

機能・相同性情報

生物種

Edwardsiella tarda (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Yang, C. / Quan, S.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: The Edwardsiella piscicida thioredoxin-like protein inhibits ASK1-MAPKs signaling cascades to promote pathogenesis during infection.
著者: Yang, D. / Liu, X. / Xu, W. / Gu, Z. / Yang, C. / Zhang, L. / Tan, J. / Zheng, X. / Wang, Z. / Quan, S. / Zhang, Y. / Liu, Q.

履歴

登録	2018年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zf2.cif.gz	58.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zf2.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zf2_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zf2_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	5zf2_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	5zf2_validation.cif.gz	9.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yzuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vlt-1 6g61-d 6wax-2 3o6t-3 2peh-2 3tco-2 2vlt-2 4tn8-d 5lxy-7 1ihn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin (H-type,TRX-H)

ヘテロ分子

11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.273, 34.273, 264.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-309- HOH
2	1	A-348- HOH
3	1	A-393- HOH
4	1	A-397- HOH
5	1	A-399- HOH

#1: タンパク質	Thioredoxin (H-type,TRX-H) / Trxlp 分子量: 11622.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CCTCC M208068 由来: (組換発現) Edwardsiella tarda (strain EIB202) (バクテリア) 株: EIB202 / 遺伝子: ETAE_2186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: D0Z9P5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 100mM sodium acetate, pH6.5, 200mM lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97852 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 7481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 30.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.203 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	29.3	0.2	351	0.993	0.037	0.203	1.026	99.7
2-2.04	32.7	0.181	350	0.997	0.032	0.184	1.032	100
2.04-2.08	33.1	0.168	336	0.997	0.029	0.17	1.154	100
2.08-2.12	30.6	0.17	389	0.997	0.031	0.173	1.147	100
2.12-2.17	32	0.151	348	0.995	0.026	0.153	1.206	100
2.17-2.22	32.5	0.136	340	0.998	0.024	0.138	1.208	100
2.22-2.27	29.2	0.134	373	0.997	0.025	0.136	1.221	99.5
2.27-2.34	30.1	0.122	345	0.998	0.022	0.124	1.195	100
2.34-2.4	32.4	0.115	356	0.999	0.02	0.117	1.201	100
2.4-2.48	30.5	0.111	379	0.998	0.02	0.112	1.278	100
2.48-2.57	32	0.105	354	0.998	0.018	0.106	1.205	100
2.57-2.67	29.8	0.101	368	0.998	0.019	0.103	1.266	100
2.67-2.8	29.2	0.09	359	0.999	0.016	0.091	1.235	100
2.8-2.94	29.7	0.086	380	0.999	0.016	0.087	1.166	100
2.94-3.13	31.1	0.079	384	0.998	0.014	0.081	1.29	100
3.13-3.37	30.7	0.071	372	0.999	0.013	0.072	1.241	100
3.37-3.71	28.8	0.065	389	0.999	0.012	0.066	1.333	99.7
3.71-4.24	31.1	0.06	408	0.999	0.011	0.061	1.374	100
4.24-5.35	30	0.056	401	0.999	0.01	0.057	1.224	99.8
5.35-50	25.3	0.048	499	0.999	0.01	0.049	1.033	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YZU

2yzu

解像度: 1.98→22.059 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	727	10.01 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.181	7263	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.79 Å² / B_iso mean: 25.3487 Å² / B_iso min: 8.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→22.059 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	818	0	5	99	922
B_iso mean	-	-	27.3	33.68	-
残基数	-	-	-	-	103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	1138
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.982	512

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9801-2.1328	0.2399	139	0.1668	1254	1393
2.1328-2.3472	0.2359	137	0.1726	1233	1370
2.3472-2.6864	0.2357	143	0.1836	1288	1431
2.6864-3.3826	0.2228	146	0.1925	1315	1461
3.3826-22.0599	0.1934	162	0.1696	1446	1608

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6923	-1.1535	1.7888	2.0184	-0.4065	1.9914	0.0967	0.2984	-0.0779	-0.3113	-0.0406	-0.1969	0.593	-0.0794	-0.0539	0.2079	-0.0409	0.015	0.1532	0.0209	0.1327	18.8261	13.8313	114.8245
2	5.7871	-0.7605	-0.2242	2.4165	0.3975	1.9116	0.2893	0.1521	0.7306	-0.0989	0.0154	0.1446	0.1546	-0.5985	-0.2939	0.1301	-0.0365	0.001	0.2491	0.1052	0.1992	11.2639	21.8108	120.8647
3	0.7972	-0.139	-0.3341	1.554	0.9756	3.2378	0.2116	0.4879	0.2674	-0.4076	-0.0868	0.6113	-0.0352	-1.043	-0.2269	0.3178	0.1054	-0.0171	0.3253	0.0814	0.2376	11.3647	31.3874	120.2902
4	3.1761	2.0797	2.6065	3.891	-0.3826	3.8772	0.5352	-0.3276	0.0938	0.5045	-0.5061	-0.5822	-0.8338	0.5438	-0.0969	0.2073	-0.025	0.1032	0.1195	0.0382	0.2145	26.0287	28.8301	114.9577
5	1.2885	0.1623	-0.5448	1.0364	-0.5107	0.707	-0.0479	-0.0306	-0.0449	0.2117	0.2926	0.2695	0.2034	-0.5228	-0.1948	0.1757	-0.0637	0.0156	0.2658	0.0725	0.2296	10.337	15.7254	123.8555
6	1.24	-0.6217	0.3169	4.0709	0.1547	1.4364	0.0624	0.0422	0.0425	0.1329	-0.005	-0.316	-0.1802	0.0362	-0.1017	0.1323	-0.0149	0.007	0.1185	0.0441	0.1163	20.8266	25.0307	127.083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 15 )	A	0 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 28 )	A	16 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 43 )	A	29 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 44 through 50 )	A	44 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 73 )	A	51 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 74 through 102 )	A	74 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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