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- PDB-5zf0: X-ray Structure of the Electron Transfer Complex between Ferredox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zf0
タイトルX-ray Structure of the Electron Transfer Complex between Ferredoxin and Photosystem I
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Ferredoxin-1
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaX
キーワードPHOTOSYNTHESIS/ELECTRON TRANSPORT / Photosystem I / Ferredoxin / PHOTOSYNTHESIS-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Electron transport accessory-like domain superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kubota-Kawai, H. / Mutoh, R. / Shinmura, K. / Setif, P. / Nowaczyk, M. / Roegner, M. / Ikegami, T. / Tanaka, T. / Kurisu, G.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceGS016 日本
Japan science and technology agency 日本
Japan Society for the Promotion of Science13J03550 日本
引用
ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: X-ray structure of an asymmetrical trimeric ferredoxin-photosystem I complex
著者: Kubota-Kawai, H. / Mutoh, R. / Shinmura, K. / Setif, P. / Nowaczyk, M.M. / Rogner, M. / Ikegami, T. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: X-ray Structure and Nuclear Magnetic Resonance Analysis of the Interaction Sites of the Ga-Substituted Cyanobacterial Ferredoxin
著者: Mutoh, R. / Muraki, N. / Shinmura, K. / Kubota-Kawai, H. / Lee, Y.H. / Nowaczyk, M.M. / Roegner, M. / Hase, T. / Ikegami, T. / Kurisu, G.
履歴
登録2018年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C1: Photosystem I iron-sulfur center
D1: Photosystem I reaction center subunit II
E1: Photosystem I reaction center subunit IV
F1: Photosystem I reaction center subunit III
I1: Photosystem I reaction center subunit VIII
J1: Photosystem I reaction center subunit IX
K1: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L1: Photosystem I reaction center subunit XI
M1: Photosystem I reaction center subunit XII
X1: PsaX
A2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C2: Photosystem I iron-sulfur center
D2: Photosystem I reaction center subunit II
E2: Photosystem I reaction center subunit IV
F2: Photosystem I reaction center subunit III
I2: Photosystem I reaction center subunit VIII
J2: Photosystem I reaction center subunit IX
K2: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L2: Photosystem I reaction center subunit XI
M2: Photosystem I reaction center subunit XII
X2: PsaX
A3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C3: Photosystem I iron-sulfur center
D3: Photosystem I reaction center subunit II
E3: Photosystem I reaction center subunit IV
F3: Photosystem I reaction center subunit III
I3: Photosystem I reaction center subunit VIII
J3: Photosystem I reaction center subunit IX
K3: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L3: Photosystem I reaction center subunit XI
M3: Photosystem I reaction center subunit XII
X3: PsaX
A4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C4: Photosystem I iron-sulfur center
D4: Photosystem I reaction center subunit II
E4: Photosystem I reaction center subunit IV
F4: Photosystem I reaction center subunit III
I4: Photosystem I reaction center subunit VIII
J4: Photosystem I reaction center subunit IX
K4: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L4: Photosystem I reaction center subunit XI
M4: Photosystem I reaction center subunit XII
X4: PsaX
A6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C6: Photosystem I iron-sulfur center
D6: Photosystem I reaction center subunit II
E6: Photosystem I reaction center subunit IV
F6: Photosystem I reaction center subunit III
I6: Photosystem I reaction center subunit VIII
J6: Photosystem I reaction center subunit IX
K6: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L6: Photosystem I reaction center subunit XI
M6: Photosystem I reaction center subunit XII
X6: PsaX
A5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C5: Photosystem I iron-sulfur center
D5: Photosystem I reaction center subunit II
E5: Photosystem I reaction center subunit IV
F5: Photosystem I reaction center subunit III
I5: Photosystem I reaction center subunit VIII
J5: Photosystem I reaction center subunit IX
K5: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L5: Photosystem I reaction center subunit XI
M5: Photosystem I reaction center subunit XII
X5: PsaX
P1: Ferredoxin-1
P2: Ferredoxin-1
P3: Ferredoxin-1
P4: Ferredoxin-1
P6: Ferredoxin-1
P5: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,223,592852
ポリマ－1,607,30678
非ポリマー616,287774
水00
1
A1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C1: Photosystem I iron-sulfur center
D1: Photosystem I reaction center subunit II
E1: Photosystem I reaction center subunit IV
F1: Photosystem I reaction center subunit III
I1: Photosystem I reaction center subunit VIII
J1: Photosystem I reaction center subunit IX
K1: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L1: Photosystem I reaction center subunit XI
M1: Photosystem I reaction center subunit XII
X1: PsaX
A2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C2: Photosystem I iron-sulfur center
D2: Photosystem I reaction center subunit II
E2: Photosystem I reaction center subunit IV
F2: Photosystem I reaction center subunit III
I2: Photosystem I reaction center subunit VIII
J2: Photosystem I reaction center subunit IX
K2: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L2: Photosystem I reaction center subunit XI
M2: Photosystem I reaction center subunit XII
X2: PsaX
A3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C3: Photosystem I iron-sulfur center
D3: Photosystem I reaction center subunit II
E3: Photosystem I reaction center subunit IV
F3: Photosystem I reaction center subunit III
I3: Photosystem I reaction center subunit VIII
J3: Photosystem I reaction center subunit IX
K3: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L3: Photosystem I reaction center subunit XI
M3: Photosystem I reaction center subunit XII
X3: PsaX
P1: Ferredoxin-1
P2: Ferredoxin-1
P3: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,111,796426
ポリマ－803,65339
非ポリマー308,143387
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C4: Photosystem I iron-sulfur center
D4: Photosystem I reaction center subunit II
E4: Photosystem I reaction center subunit IV
F4: Photosystem I reaction center subunit III
I4: Photosystem I reaction center subunit VIII
J4: Photosystem I reaction center subunit IX
K4: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L4: Photosystem I reaction center subunit XI
M4: Photosystem I reaction center subunit XII
X4: PsaX
A6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C6: Photosystem I iron-sulfur center
D6: Photosystem I reaction center subunit II
E6: Photosystem I reaction center subunit IV
F6: Photosystem I reaction center subunit III
I6: Photosystem I reaction center subunit VIII
J6: Photosystem I reaction center subunit IX
K6: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L6: Photosystem I reaction center subunit XI
M6: Photosystem I reaction center subunit XII
X6: PsaX
A5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C5: Photosystem I iron-sulfur center
D5: Photosystem I reaction center subunit II
E5: Photosystem I reaction center subunit IV
F5: Photosystem I reaction center subunit III
I5: Photosystem I reaction center subunit VIII
J5: Photosystem I reaction center subunit IX
K5: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L5: Photosystem I reaction center subunit XI
M5: Photosystem I reaction center subunit XII
X5: PsaX
P4: Ferredoxin-1
P6: Ferredoxin-1
P5: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,111,796426
ポリマ－803,65339
非ポリマー308,143387
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.101, 239.668, 265.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 12分子 A1A2A3A4A6A5B1B2B3B4B6B5

#1: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83267.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A405, photosystem I
#2: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82992.453 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 2-741 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A407, photosystem I

-
タンパク質 , 2種, 12分子 C1C2C3C4C6C5P1P2P3P4P6P5

#3: タンパク質
Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8678.011 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 2-81 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A415, photosystem I
#13: タンパク質
Ferredoxin-1 / Ferredoxin I


分子量: 10722.764 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 2-98 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: petF1, petF, tsl1009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3C9

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 48分子 D1D2D3D4D6D5E1E2E3E4E6E5F1F2F3F4F6F5I1I2I3I4I6I5J1J2J3J4J6J5...

#4: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15258.297 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 2-139 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A420
#5: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein


分子量: 8268.290 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 2-76 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A423
#6: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17716.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A401
#7: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4297.234 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A427
#8: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4770.698 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A429
#9: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Light-harvesting 8.0 kDa polypeptide / Photosystem I subunit X


分子量: 8483.983 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A425
#10: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16156.569 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DGB4
#11: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3426.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A403

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 X1X2X3X4X6X5

#12: タンパク質・ペプチド
PsaX


分子量: 3845.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

-
非ポリマー , 8種, 774分子

#14: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#16: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#17: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#19: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#20: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#21: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: 41% PEG200, 100 mM acetate buffer, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→158.04 Å / Num. obs: 191480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 4.2→4.43 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 27882 / Num. unique obs: 212827 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JB0

1jb0


解像度: 4.2→158.04 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37705 9092 5 %RANDOM
Rwork0.35302 ---
obs0.35423 181835 99.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 158.055 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→158.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数108852 0 39642 0 148494
LS精密化 シェル解像度: 4.199→4.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 674 -
Rwork0.446 13218 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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