PDB-5zeo: X-ray structure of sperm whale V21C/V66C/F46S myoglobin mutant wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zeo

タイトル

X-ray structure of sperm whale V21C/V66C/F46S myoglobin mutant with an intramolecular disulfide bond

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / myoglobin / sperm whale

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Yuan, H.

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: Regulation of both the structure and function by a de novo designed disulfide bond: a case study of heme proteins in myoglobin
著者: Yin, L.L. / Yuan, H. / Du, K.J. / He, B. / Gao, S.Q. / Wen, G.B. / Tan, X. / Lin, Y.W.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zeo.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zeo.ent.gz	33.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zeo_validation.pdf.gz	841.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zeo_full_validation.pdf.gz	846.6 KB	表示
XML形式データ	5zeo_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	5zeo_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hlxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zsz-d 2mya-d 5cnb-d 1hsy-d 1dwt-d 4qau-d 5cnf-d 1mlg-d 2cmm-d 3v2v-d 1yoi-d 3mn0-d 3ecx-d 6ls8-6 2zt1-d 1swm-d 1ajg-d 1bje-d 3wi8-d 6f19-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.566, 47.351, 79.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17182.879 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-154 / 変異: V21C, P46S, V66C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30%(w/v) Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→40.63 Å / Num. obs: 15020 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 23.05
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / Num. unique obs: 725 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HLX

5hlx

解像度: 1.77→40.63 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	1496	10 %
R_work	0.2228	-	-
obs	-	15020	99.4 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→40.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1210	0	43	175	1428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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