PDB-5zef: Crystal structure of Entamoeba histolytica Arginase in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zef

タイトル

Crystal structure of Entamoeba histolytica Arginase in complex with L- Norvaline at 2.01 A

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE / Entamoeba histolytica / Metalloenzyme / Inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginase activity / : / urea cycle / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Malik, A. / Dalal, V. / Ankri, S. / Tomar, S.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into Entamoeba histolytica arginase and structure-based identification of novel non-amino acid based inhibitors as potential antiamoebic molecules.
著者: Malik, A. / Dalal, V. / Ankri, S. / Tomar, S.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zef.cif.gz	253.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zef.ent.gz	203.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zef_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zef_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
XML形式データ	5zef_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	5zef_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zeeC 5zehC 1cevS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zeh-d 5zee-d 2ri1-d 4rpc-d 5mxp-d 6a8o-1 6qe2-d 4d7c-d 5l9b-d 2y5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.947, 98.358, 135.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	0 - 294
2	0	1	0	B	0 - 294

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 34826.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-295 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_152330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: C4LSS0, arginase

-
非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物	ChemComp-NVA / NORVALINE / ノルバリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1M bistris propane pH-6.2, 0.2M potassium thiocyanate, 20% Peg 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→41 Å / Num. obs: 39225 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1876 / CC_1/2: 0.97 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CEV

1cev

解像度: 2.01→41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 13.955 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21034	1840	4.7 %	RANDOM
R_work	0.17855	-	-	-
obs	0.18012	37164	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.66 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.01→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4597	0	40	292	4929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.982	6442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.075	3	10721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.232	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.562	25.98	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.61	15	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.851	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.938	2.265	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.934	2.265	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.813	3.377	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.813	3.378	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.092	2.61	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.087	2.61	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.372	3.734	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.827	27.971	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.823	27.97	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19728 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	108	-
R_work	0.345	2665	-
obs	-	-	97.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3101	2.2621	-1.0584	9.9587	-1.5942	2.1104	0.0256	0.0289	-0.0482	-0.3772	0.022	-0.3416	-0.0379	0.087	-0.0476	0.0669	-0.0219	0.0135	0.0453	-0.0695	0.2557	6.639	-1.367	16.759
2	1.8123	0.0436	-0.0894	3.5161	0.3531	1.0546	-0.0368	0.0017	-0.0298	-0.4531	0.0416	0.3517	0.0483	-0.1005	-0.0047	0.1386	-0.0423	-0.0604	0.0225	0.0284	0.3916	-5.802	-5.164	13.118
3	2.2802	-0.2078	-0.1968	3.8153	-0.1725	1.358	0.008	0.3654	-0.0089	-1.2344	0.0918	-0.1217	0.057	-0.0401	-0.0998	0.5218	-0.084	0.0238	0.0793	-0.0054	0.3497	2.623	-7.257	0.324
4	3.7824	-4.1423	1.7128	10.247	-5.6897	6.6281	-0.1181	0.1035	0.2771	-0.3456	-0.1149	-0.702	-0.2656	0.3208	0.233	0.3559	-0.1089	0.0909	0.2352	-0.0094	0.3957	13.957	-1.584	4.659
5	9.5964	1.6297	-3.3238	5.8052	-0.7873	1.9838	-0.1469	0.0056	-0.2219	-0.4064	0.0763	-0.403	0.0233	0.0315	0.0706	0.0861	-0.013	-0.0219	0.0442	-0.0312	0.3362	21.192	15.402	17.389
6	4.1572	0.3488	-1.5795	5.5079	1.397	1.0944	-0.235	-0.1942	-0.1538	-0.2762	0.1765	0.1668	0.1111	0.0517	0.0584	0.1854	-0.0935	-0.0104	0.123	0.0029	0.4896	12.156	10.703	21.679
7	15.2059	6.0551	0.2974	12.7898	6.4655	7.0003	-0.265	1.8543	-0.8217	-1.3063	0.7049	-1.9455	-0.438	0.8537	-0.4399	0.6179	0.0071	0.2951	0.5115	0.0423	0.7341	31.472	25.828	5.492
8	2.2755	0.0533	0.8011	4.2128	-0.2618	0.9023	-0.1105	-0.0058	0.3315	-0.3201	0.0703	-0.35	-0.086	-0.0718	0.0402	0.0429	-0.0022	0.0416	0.0126	-0.0299	0.5562	20.646	28.743	21.354
9	2.7129	-0.2152	0.706	4.8162	-0.2508	1.7165	-0.0065	-0.2517	0.3799	0.3231	0.0345	-0.8222	0.0093	0.0479	-0.028	0.038	0.0052	-0.0584	0.0349	-0.0908	0.8152	29.845	31.467	30.959
10	2.8687	-0.6515	-0.6814	4.597	-0.0329	1.7603	-0.0462	-0.2791	-0.2048	0.2777	0.0493	-0.4579	0.1764	-0.0814	-0.0031	0.0454	-0.0133	-0.036	0.0451	-0.0189	0.634	25.854	15.833	30.009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	51 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	67 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	140 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	214 - 295

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