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万見
- PDB-5zdq: Crystal structure of cyanide-insensitive alternative oxidase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zdq
タイトルCrystal structure of cyanide-insensitive alternative oxidase from Trypanosoma brucei with COLLETOCHLORIN B
要素Alternative oxidase, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE BOUND DIIRON PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative oxidase activity / alternative respiration / 酸化還元酵素 / : / ferric iron binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Alternative oxidase / Alternative oxidase / Alternative oxidase superfamily / Alternative oxidase / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / Chem-RNB / Alternative oxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Takahashi, G. / Tsuge, C. / Kido, Y. / Young, L. / Ueda, S. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Honma, T. ...Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Takahashi, G. / Tsuge, C. / Kido, Y. / Young, L. / Ueda, S. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Saimoto, H. / Harada, S. / Moore, A.L. / Kita, K.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2019
タイトル: Insights into the ubiquinol/dioxygen binding and proton relay pathways of the alternative oxidase.
著者: Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Takahashi, G. / Tsuge, C. / Kido, Y. / Young, L. / Ueda, S. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Saimoto, H. / Harada, S. / Moore, A.L. / Kita, K.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alternative oxidase, mitochondrial
B: Alternative oxidase, mitochondrial
C: Alternative oxidase, mitochondrial
D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,66323
ポリマ－150,5734
非ポリマー2,09019
水5,278293
1
A: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,38212
ポリマ－75,2872
非ポリマー1,09510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area8680 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
2
B: Alternative oxidase, mitochondrial
C: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,19010
ポリマ－75,2872
非ポリマー9038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
3
D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,56614
ポリマ－75,2872
非ポリマー1,27912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9130 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.017, 137.920, 63.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-648-

HOH

21D-651-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alternative oxidase, mitochondrial


分子量: 37643.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: AOX / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FN102 / 参照: UniProt: Q26710

-
非ポリマー , 6種, 312分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物
ChemComp-RNB / 3-chloro-5-[(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl]-4,6-dihydroxy-2-methylbenzaldehyde / Colletochlorin B / コレトクロリンB


分子量: 322.826 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23ClO3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M IMIDAZOLE, 0.5M POTASSIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.477
11H+4/2L, -K, -L20.523
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 82140 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4112 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VV9

3vv9


解像度: 2.3→42.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.676 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21972 4048 4.9 %RANDOM
Rwork0.18472 ---
obs0.18648 77904 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.07 Å2-0 Å2-2.45 Å2
2--31.55 Å20 Å2
3----6.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8608 0 116 293 9017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.96512113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843319843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.50651057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54222.098410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.351151531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9661596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 266 -
Rwork0.234 5615 -
obs--97.67 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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