PDB-1ogk: The crystal structure of Trypanosoma cruzi dUTPase in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ogk

タイトル

The crystal structure of Trypanosoma cruzi dUTPase in complex with dUDP

要素

DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / DIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

all-alpha NTP pyrophosphatase / Type II deoxyuridine triphosphatase / all-alpha NTP pyrophosphatases / Type II deoxyuridine triphosphatase / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Harkiolaki, M. / Dodson, E.J. / Bernier-Villamor, V. / Turkenburg, J.P. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of Trypanosoma Cruzi Dutpase Reveals a Novel Dutp/Dudp Binding Fold
著者: Harkiolaki, M. / Dodson, E.J. / Bernier-Villamor, V. / Turkenburg, J.P. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2003年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ogk.cif.gz	200.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ogk.ent.gz	161.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ogk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1ogk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/1ogk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oglC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oqq-d 2zif-d 4ksi-d 6zvn-d 6rre-5 4beu-d 1diw-d 2je5-1 1fv0-3 5j92-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

B: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

D: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

E: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

B: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

E: DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.386, 50.307, 111.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	E
1	2	B
2	2	D
3	2	E

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	PRO	PRO	B	B	17 - 31	17 - 31
2	1	1	SER	SER	PRO	PRO	E	D	17 - 31	17 - 31
1	2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	41 - 53	41 - 53
2	2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	E	D	41 - 53	41 - 53
1	3	1	ASN	ASN	SER	SER	B	B	73 - 87	73 - 87
2	3	1	ASN	ASN	SER	SER	E	D	73 - 87	73 - 87
1	4	1	TYR	TYR	ARG	ARG	B	B	194 - 204	194 - 204
2	4	1	TYR	TYR	ARG	ARG	E	D	194 - 204	194 - 204
1	1	2	DUD	DUD	DUD	DUD	B	E	1280
2	1	2	DUD	DUD	DUD	DUD	D	F	1280
3	1	2	DUD	DUD	DUD	DUD	E	G	1281

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	DEOXYURIDINE TRIPHOSPHATASE / DUTPASE 分子量: 32104.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ) 株: Y / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15923, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUDP 分子量: 388.162 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₁P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %

結晶化

pH: 6.6
詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.3M SODIUM FORMATE, 50 MM SODIUM HEPES PH 7.0

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.3 M	sodium formate	1	reservoir
2	25 %	PEG2000 MME	1	reservoir
3	50 mM	sodium HEPES	1	reservoir	pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→20 Å / Num. obs: 27211 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.46
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.3
反射	PLUS 最高解像度: 2.85 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs*: 0.085
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 97.3 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs*: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.13	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE

解像度: 2.85→111.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 19.26 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ELEVATED B VALUES OF CHAIN D ATOMS REFLECT THE RELATIVE LACK OF STABILLISING CRYSTALLOGRAPHIC CONTACTS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1362	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.209	25841	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7 Å²	0 Å²	1.18 Å²
2-	-	4.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→111.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7712	0	72	0	7784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.953	10793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.019	3	16618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.222	5	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	8837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.101	0.2	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.65	1.5	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.247	2	7572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.618	3	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.78	4.5	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	841	tight positional	0.1	0.05
1	2	E	841	tight positional	0.1	0.05
2	1	B	34	tight positional	0.04	0.05
2	2	D	34	tight positional	0.05	0.05
2	3	E	34	tight positional	0.04	0.05
1	1	B	841	tight thermal	0.1	0.5
1	2	E	841	tight thermal	0.1	0.5
2	1	B	34	tight thermal	0.34	0.5
2	2	D	34	tight thermal	0.48	0.5
2	3	E	34	tight thermal	0.18	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.93 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.353	79
R_work	0.302	1841

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2153	-0.4957	0.9058	4.6591	0.8469	2.317	0.0228	-0.0824	0.5689	0.3286	-0.036	-0.3586	-0.1984	0.3429	0.0132	0.1975	0.0066	0.0274	0.06	0.005	0.2564	48.1487	5.238	38.6064
2	5.0036	-1.4616	-3.3204	2.8735	0.8809	2.4861	0.2251	0.5578	0.159	-0.462	0.0559	-0.0117	-0.3691	-0.0873	-0.281	0.1442	0.0021	-0.0561	0.1021	0.0978	0.1171	24.1023	6.7373	37.8842
3	2.7445	1.5931	0.7356	2.4663	-0.0577	2.8159	0.0742	-0.2071	-0.1167	0.3213	-0.1556	0.4033	0.2407	-0.7517	0.0815	0.1557	-0.0518	0.0276	0.1504	-0.0254	0.2012	0.6598	-1.3768	62.1027
4	4.6078	-0.9149	-1.3696	2.7819	0.5408	2.0551	0.137	0.6999	-0.4691	-0.3037	-0.1047	0.1655	0.2996	-0.3789	-0.0324	0.2094	-0.045	-0.06	0.115	-0.0389	0.1264	11.4773	-6.6307	43.1199
5	3.2033	-0.7132	0.5578	4.0634	-0.6883	3.6424	-0.0805	-0.2879	-0.5972	0.2101	-0.0701	0.7082	0.2816	-0.7	0.1506	0.5375	-0.0736	0.1588	0.9071	0.0396	0.7183	-17.5436	7.5937	96.7272
6	4.2719	-0.6829	-2.4464	1.8376	0.0258	2.1866	0.061	-1.0277	0.4506	0.737	0.0081	0.1967	-0.5008	-0.3161	-0.0691	0.4888	-0.0482	0.0644	0.5617	-0.1093	0.4303	0.5673	20.1962	99.2669
7	6.187	-0.4445	1.2336	2.5143	-1.2101	2.98	0.1836	-0.2989	-0.0193	0.0005	-0.2706	-0.5214	0.2676	0.3475	0.0871	0.1807	-0.0215	-0.0013	0.0697	0.006	0.1489	27.1947	7.2159	81.8372
8	3.8915	-0.8978	-0.0153	2.1634	-0.639	3.048	0.0217	-0.9509	0.04	0.8623	0.0545	-0.1855	0.0572	-0.0147	-0.0762	0.4654	-0.0842	0.0344	0.5124	0.0008	0.1728	16.7314	10.135	101.2643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	189 - 278
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	140 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	11 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	189 - 278
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	37 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	140 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	102 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	5	D	11 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	5	D	189 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	6	D	37 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	6	D	140 - 187
15	X-RAY DIFFRACTION	6	D	104 - 118
16	X-RAY DIFFRACTION	7	E	10 - 30
17	X-RAY DIFFRACTION	7	E	189 - 278
18	X-RAY DIFFRACTION	8	E	37 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	8	E	140 - 187
20	X-RAY DIFFRACTION	8	E	102 - 118

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.93	2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)