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万見
- PDB-5zcy: Crystal structure of archaeal translation initiation factor 1 at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zcy
タイトルCrystal structure of archaeal translation initiation factor 1 at 1.5 Angstroms resolution
要素Protein translation factor SUI1 homolog
キーワードTRANSLATION / aIF1 / eIF1 / eukaryotic translation initiation / YciH / archaea / eukaryote
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity
類似検索 - 分子機能
Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / : / SUI1-like domain / Translation Initiation Factor Eif1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRITE ION / NITRATE ION / Protein translation factor SUI1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gogoi, P. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology Government of IndiaBT/302/NE/TBP/2012 インド
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Archaeal and eukaryal translation initiation factor 1 differ in their RNA interacting loops.
著者: Gogoi, P. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2018年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translation factor SUI1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5823
ポリマ－11,4741
非ポリマー1082
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.580, 53.580, 56.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein translation factor SUI1 homolog


分子量: 11474.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1771.1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P58193
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2M Lithium Nitrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月26日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.97 Å / Num. obs: 14801 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique obs: 691 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.54 / % possible all: 95.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.75 Å35.97 Å
Translation3.75 Å35.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
Coot0.8.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MO0

4mo0


解像度: 1.5→35.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.083 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0696 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 686 4.6 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1753 14100 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.26 Å2 / Biso mean: 19.198 Å2 / Biso min: 7.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→35.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数671 0 7 82 760
Biso mean--23.17 30.99 -
残基数----83
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.019680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5782.012900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09831633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.112582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44924.68832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6115152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.189156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02136
LS精密化 シェル解像度: 1.495→1.534 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 29 -
Rwork0.318 1033 -
all-1062 -
obs--95.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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