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- PDB-5zcr: DSM5389 glycosyltrehalose synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zcr
タイトルDSM5389 glycosyltrehalose synthase
要素Maltooligosyl trehalose synthase
キーワードHYDROLASE / trehalose / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Maltooligosyl trehalose synthase; domain 4 / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 3 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / DNA polymerase; domain 1 / Glycosidases ...Maltooligosyl trehalose synthase; domain 4 / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 3 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / DNA polymerase; domain 1 / Glycosidases / Arc Repressor Mutant, subunit A / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltooligosyl trehalose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus shibatae B12 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tamada, T. / Okazaki, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of glycosyltrehalose synthase from Sulfolobus shibatae DSM5389
著者: Okazaki, N. / Blaber, M. / Kuroki, R. / Tamada, T.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltooligosyl trehalose synthase
B: Maltooligosyl trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,64515
ポリマ－172,5832
非ポリマー1,06213
水9,404522
1
A: Maltooligosyl trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9619
ポリマ－86,2921
非ポリマー6698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
2
B: Maltooligosyl trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6846
ポリマ－86,2921
非ポリマー3935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.132, 84.567, 128.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maltooligosyl trehalose synthase


分子量: 86291.633 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-728 / 変異: D22N, H54D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae B12 (古細菌) / 遺伝子: treY / 発現宿主: Cyberlindnera jadinii (菌類) / 参照: UniProt: Q7LYV2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, EDTA, phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→70.04 Å / Num. obs: 54626 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.6 % / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5332 / CC1/2: 0.698 / Rrim(I) all: 0.538 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IV8

1iv8


解像度: 2.4→70.039 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 2741 5.02 %
Rwork0.1706 --
obs0.1746 54614 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→70.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12115 0 68 522 12705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14416740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7954747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44140.29951300.21152536X-RAY DIFFRACTION91
2.4414-2.48580.29421400.21152527X-RAY DIFFRACTION93
2.4858-2.53360.33791480.21572550X-RAY DIFFRACTION93
2.5336-2.58530.28311370.21042560X-RAY DIFFRACTION93
2.5853-2.64150.34981230.21352617X-RAY DIFFRACTION94
2.6415-2.7030.29021520.20222536X-RAY DIFFRACTION94
2.703-2.77060.29951250.20412572X-RAY DIFFRACTION94
2.7706-2.84550.34681310.2022633X-RAY DIFFRACTION94
2.8455-2.92920.31691180.20292562X-RAY DIFFRACTION93
2.9292-3.02380.26711160.20052607X-RAY DIFFRACTION94
3.0238-3.13180.31421510.19442606X-RAY DIFFRACTION95
3.1318-3.25720.25041360.18722613X-RAY DIFFRACTION94
3.2572-3.40550.22931420.17032594X-RAY DIFFRACTION95
3.4055-3.5850.25671470.17042621X-RAY DIFFRACTION95
3.585-3.80960.25371500.15682565X-RAY DIFFRACTION94
3.8096-4.10370.20271440.14962639X-RAY DIFFRACTION95
4.1037-4.51660.19261430.12722589X-RAY DIFFRACTION94
4.5166-5.170.22331320.13482643X-RAY DIFFRACTION94
5.17-6.51290.19241370.16122648X-RAY DIFFRACTION94
6.5129-70.06830.19911390.15042655X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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