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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hbs | ||||||
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タイトル | Structure of PLP internal aldimine form of Sphingopyxis sp. MTA144 FumI protein | ||||||
![]() | Aminopentol aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / aminotransferase / PLP / fumonisin | ||||||
機能・相同性 | ![]() 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campopiano, D.J. / Serpico, A. / Marles-Wright, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of PLP internal aldimine form of Sphingopyxis sp. MTA144 FumI protein 著者: Campopiano, D.J. / Serpico, A. / Marles-Wright, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1012.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1014.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48331.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fumI / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D2D3B2, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0 0.1 M Ammonium Sulfate 30 % (w/v) Polyacrylate, sodium salt |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→46.83 Å / Num. obs: 95437 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.0375 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.6757 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 9514 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.4555 / Rrim(I) all: 0.8182 / % possible all: 99.09 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BS8 解像度: 1.65→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.866 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→46.83 Å
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拘束条件 |
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