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万見
- PDB-5zci: Crystal structure of apo form of Xylose reductase from Debaryomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zci
タイトルCrystal structure of apo form of Xylose reductase from Debaryomyces nepalensis
要素Aldose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / carbohydrate metabolism / aldo-keto reductase / TIM barrel / NADPH dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose reductase [NAD(P)H] / D-xylose reductase (NADPH) activity / D-xylose catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-xylose reductase [NAD(P)H]
類似検索 - 構成要素
生物種Debaryomyces nepalensis (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Manoj, N.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of yeast xylose reductase in complex with a novel NADP-DTT adduct provides insights into substrate recognition and catalysis.
著者: Paidimuddala, B. / Mohapatra, S.B. / Gummadi, S.N. / Manoj, N.
#1: ジャーナル: RSC Adv. / 年: 2017
タイトル: A halotolerant aldose reductase from Debaryomyces nepalensis: gene isolation, overexpression and biochemical characterization
著者: Paidimuddala, B. / Aradhyam, G.K. / Gummadi, S.N.
履歴
登録2018年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldose reductase
B: Aldose reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8412
ポリマ－77,8412
非ポリマー00
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimeric assembly is consistent with PISA software prediction
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.760, 69.440, 159.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aldose reductase


分子量: 38920.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Debaryomyces nepalensis (酵母) / 遺伝子: AR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0M4HL56, aldose reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 24% PEG 3000, 0.1 M sodium citrate (pH 6.2), 0.15 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月3日
放射モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→52.4 Å / Num. obs: 42060 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5483 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.232 / Rrim(I) all: 0.781 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JEZ

1jez


解像度: 2→48.857 Å / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 2093 4.98 %Random
Rwork0.1881 ---
obs0.1896 41998 88.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å / Luzzati d res low obs: 48.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 0 399 5426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4847043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7113057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004916
LS精密化 シェル解像度: 2→2.047 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 118 -
Rwork0.2579 2299 -
obs--78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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