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- PDB-5zbr: Crystal Structure of Kinesin-3 KIF13B motor domain in AMPPNP form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbr
タイトルCrystal Structure of Kinesin-3 KIF13B motor domain in AMPPNP form
要素Kinesin family member 13B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / kinesin / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / paranode region of axon / cytoskeleton-dependent intracellular transport / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding ...Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / paranode region of axon / cytoskeleton-dependent intracellular transport / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding / microtubule binding / microtubule / axon / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / Kinesin / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PHOSPHATE ION / Kinesin family member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Wang, S. / Feng, W.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2017YFA0503501 中国
National Major Basic Research Program of China2014CB910202 中国
National Natural Science Foundation of China31470746 中国
National Natural Science Foundation of China31770786 中国
National Natural Science Foundation of China31600608 中国
National Natural Science Foundation of China31600622 中国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Delineation of the Neck Linker of Kinesin-3 for Processive Movement.
著者: Ren, J. / Zhang, Y. / Wang, S. / Huo, L. / Lou, J. / Feng, W.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Kinesin family member 13B
A: Kinesin family member 13B
C: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,65314
ポリマ－124,7283
非ポリマー1,92511
水9,908550
1
B: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3216
ポリマ－41,5761
非ポリマー7455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
2
A: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2014
ポリマ－41,5761
非ポリマー6253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
3
C: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1314
ポリマ－41,5761
非ポリマー5553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.303, 110.303, 95.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Kinesin family member 13B


分子量: 41575.930 Da / 分子数: 3 / 断片: the motor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kif13b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0G2K8Z9
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.1
詳細: 0.2M sodium citrate dihydrate, 0.1M Bis-Tris propone, 17% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 85440 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 34.49 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.815 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 8768 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBJ

3gbj


解像度: 2→36.105 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1966 2.34 %
Rwork0.189 --
obs0.1902 83974 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.52 Å2 / Biso mean: 51.9329 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.105 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7535 0 113 550 8198
Biso mean--52.37 50.8 -
残基数----983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93510617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7736474
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0002-2.05020.31161486087100
2.0502-2.10560.2611426028100
2.1056-2.16760.29651506147100
2.1676-2.23750.3193102448674
2.2375-2.3175102453774
2.3175-2.41020.27531466053100
2.4102-2.51990.2751466141100
2.5199-2.65270.25371376124100
2.6527-2.81890.24661486076100
2.8189-3.03640.27041446128100
3.0364-3.34180.25451520.19276079100
3.3418-3.82490.21391540.1687604999
3.8249-4.81710.1971500.13786062100
4.81710.19911450.164601198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.81827.50676.61098.29996.13065.168-0.19940.12370.1525-0.12270.15230.0097-0.08690.25460.02450.3534-0.02260.01030.2458-0.01440.2348-0.704158.367114.6301
22.15230.23330.50222.1357-0.72894.0149-0.00730.3269-0.08150.0274-0.0174-0.14930.37910.201-0.00070.2992-0.020.040.2058-0.0480.2178-9.865457.21890.6277
32.8021.2919-4.2172.0832-1.42818.56920.04910.23780.49130.1170.13240.30920.0808-0.5994-0.22790.39890.0616-0.01530.44760.04370.4598-27.126468.36080.3518
42.755-0.10821.19241.27-1.32652.76580.02710.0071-0.24520.02440.18310.29570.3158-0.4466-0.19450.3401-0.09240.04410.2624-0.01440.2869-22.570953.33796.2668
51.23370.592-0.35692.3287-1.52623.7673-0.04870.08330.0552-0.15310.13520.16460.0969-0.3591-0.05750.13820.02560.00160.2373-0.01470.2372-58.819640.061732.6223
61.99920.3645-0.52463.10940.8068.6329-0.0214-0.0850.3373-0.17440.2094-0.2632-1.06750.6949-0.1390.374-0.08690.07030.3983-0.05470.453-40.539757.138527.4642
72.05610.7581-1.68561.5391-0.23523.02160.1307-0.05990.36860.02170.0736-0.0062-0.5032-0.0055-0.18080.2750.03990.02320.234-0.02320.3269-51.860954.438933.4394
89.3454-6.9054-6.41015.14944.77154.40360.14070.4270.09850.0008-0.19-0.1828-0.2154-0.25970.19430.289-0.020.01850.3047-0.01710.3134-50.864496.5259-21.1794
99.0360.64643.03224.3472.62929.22750.0417-0.10660.9755-0.1048-0.0276-0.2488-1.05320.26090.06310.4382-0.10120.0840.302-0.03450.5222-43.5454101.5241-24.6524
103.3962-0.3303-0.43192.63341.30413.88630.08610.4794-0.2886-0.1433-0.003-0.21680.26390.2652-0.06440.24880.0520.030.3126-0.03150.301-45.734481.3293-38.5371
118.0029-1.9675-0.60444.9574-0.40895.91790.1041-0.4986-1.00640.65830.39750.12630.9332-0.0965-0.46240.58450.0007-0.06960.3108-0.10880.6201-50.362869.0094-36.894
124.1408-0.25040.13673.3841.05393.96870.0117-0.1363-0.65350.30080.1298-0.14820.79640.3926-0.02280.33520.1247-0.05620.3002-0.02290.4128-40.890175.1902-31.6643
133.3386-1.12810.38025.2306-0.76831.1454-0.1765-0.4273-0.56150.46010.1677-0.6240.56790.89550.03260.41150.1898-0.04410.57020.05770.4702-36.000177.2813-24.3504
141.7487-2.4841-3.10354.6284.67927.69430.05910.5736-0.31040.5124-0.0019-0.66340.52910.2768-0.11850.18990.0984-0.04390.7212-0.21020.5627-34.219183.8245-28.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 4 through 27 )B4 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 28 through 154 )B28 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 155 through 207 )B155 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 208 through 369 )B208 - 369
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 4 through 137 )A4 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 193 )A138 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 194 through 370 )A194 - 370
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 27 )C4 - 27
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 28 through 75 )C28 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 76 through 160 )C76 - 160
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 161 through 207 )C161 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 208 through 293 )C208 - 293
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 294 through 333 )C294 - 333
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 334 through 369 )C334 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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