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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zbj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type-I LOG from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||
要素 | Putative cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / cytokinin biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Environ. Microbiol. / 年: 2018 タイトル: Structural insight into molecular mechanism of cytokinin activating protein from Pseudomonas aeruginosa PAO1. 著者: Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zbj.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zbj.ent.gz | 36.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/5zbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/5zbj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21816.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA4923 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P48636, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 106分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-IMD / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: ammonium phosphate dibasic, imidazole pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→54.11 Å / Num. obs: 18128 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.804 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Num. unique obs: 845 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.158 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ITS 解像度: 1.89→54.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.718 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.118 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.68 Å2 / Biso mean: 22.512 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→54.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.894→1.943 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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