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万見
- PDB-5zbi: Crystal structure of asparaginyl endopeptidases from Viola Canadensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbi
タイトルCrystal structure of asparaginyl endopeptidases from Viola Canadensis
要素Peptide asparaginyl ligase
キーワードPLANT PROTEIN / peptide ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar protein processing / vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family ...Asparaginyl endopeptidase / Legumain prodomain superfamily / : / Legumain, prodomain / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Rossmann fold - #1460 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide asparaginyl ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Viola canadensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Wong, Y.H. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2016-T3-1-003 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Peptide asparaginyl ligase from Viola canadensis
著者: Wong, Y.H. / Lescar, J.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide asparaginyl ligase
B: Peptide asparaginyl ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0893
ポリマ－119,0662
非ポリマー231
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.470, 62.080, 82.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peptide asparaginyl ligase


分子量: 59532.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Viola canadensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E113*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.55 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH 5.5, PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→88.3 Å / Num. obs: 53019 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 30795 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H0I

5h0i


解像度: 2.09→44.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2661 5.01 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 53019 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2224 Å20 Å21.2576 Å2
2---8.5283 Å20 Å2
3---7.3059 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6557 0 1 498 7056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016721HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.059114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2281SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes972HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6721HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion853SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8662SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 184 5.06 %
Rwork0.2136 3451 -
all0.2156 3635 -
obs--92.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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