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万見
- PDB-5zb6: NMR structure of UVI31+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zb6
タイトルNMR structure of UVI31+
要素UVI31+
キーワードPLANT PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 3.0
機能・相同性BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Predicted protein
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Rout, A.K. / Patel, S. / Rao, B.J. / Chary, K.V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of a novel KH-domain containing plant chloroplast endonuclease
著者: Rout, A.K. / Singh, H. / Patel, S. / Raghvan, V. / Gautam, S. / Minda, R. / Rao, B.J. / Chary, K.V.R.
履歴
登録2018年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年10月3日ID: 2MA0
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UVI31+


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3291
ポリマ－13,3291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UVI31+


分子量: 13328.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_180018
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: A8JH36

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D 15N-edited NOESY
142isotropic13D 13C edited NOESY
151isotropic13D 15N TOCSY
163isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 15N] UVI31+, 90% H2O/10% D2O15N-UVI31+90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-95% 13C] UVI31+, 100% D2O13C-UVI31+100% D2O
solution30.6 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] UVI31+, 90% H2O/10% D2O13C/15N-UVI31+90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMUVI31+[U-99% 15N]1
0.6 mMUVI31+[U-95% 13C]2
0.6 mMUVI31+[U-95% 13C; U-95% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing4
molecular dynamics5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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