PDB-5z9i: Identification of the functions of unusual cytochrome p450-like m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z9i

タイトル

Identification of the functions of unusual cytochrome p450-like monooxygenases involved in microbial secondary metablism

要素

Putative P450-like enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.199 Å

データ登録者

Lu, M. / Lin, L. / Zhang, C. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Riboflavin Is Directly Involved in the N-Dealkylation Catalyzed by Bacterial Cytochrome P450 Monooxygenases.
著者: Zhang, C. / Lu, M. / Lin, L. / Huang, Z. / Zhang, R. / Wu, X. / Chen, Y.

履歴

登録	2018年2月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z9i.cif.gz	165.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z9i.ent.gz	129.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z9i_validation.pdf.gz	808.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z9i_full_validation.pdf.gz	813 KB	表示
XML形式データ	5z9i_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	5z9i_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ex6-3 2y5z-1 4z5p-2 5gwe-3 2ygx-1 2y5z-2 2rom-d 4fb2-1 5hdi-1 6l39-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative P450-like enzyme

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.987, 72.492, 98.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative P450-like enzyme 分子量: 44769.738 Da / 分子数: 1 / 変異: L340F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (バクテリア) 遺伝子: hmtS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0LWB2
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris hydrochloride, ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→45.282 Å / Num. obs: 40569 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.442 % / B_iso Wilson estimate: 36.63 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 13.17 / Num. measured all: 139630

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.33	3.214	0.44	2.88	20699	6635	6440	0.826	0.526	97.1
2.33-2.49	3.512	0.331	4.19	21659	6184	6168	0.908	0.39	99.7
2.49-2.69	3.53	0.208	6.26	20297	5769	5750	0.957	0.245	99.7
2.69-2.95	3.391	0.133	8.92	18046	5335	5321	0.98	0.157	99.7
2.95-3.29	3.58	0.085	13.9	17238	4833	4815	0.991	0.1	99.6
3.29-3.8	3.384	0.051	21.4	14263	4243	4215	0.996	0.06	99.3
3.8-4.65	3.573	0.038	30.38	12756	3580	3570	0.997	0.045	99.7
4.65-6.54	3.411	0.036	30.36	9408	2781	2758	0.997	0.043	99.2
6.54-45.282	3.436	0.028	37.34	5264	1557	1532	0.998	0.034	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.199→45.282 Å / FOM work R set: 0.8494 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	3715	9.16 %
R_work	0.1831	36853	-
obs	0.1877	40568	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.67 Å² / B_iso mean: 47.32 Å² / B_iso min: 19.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.199→45.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	43	113	3067
B_iso mean	-	-	20	43.76	-
残基数	-	-	-	-	386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3041
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.471	4159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.454	1083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1989-2.2268	0.2854	125	0.2397	1240	1365	90
2.2268-2.2561	0.3139	136	0.2365	1352	1488	99
2.2561-2.287	0.3065	139	0.2407	1365	1504	99
2.287-2.3196	0.279	138	0.2345	1375	1513	100
2.3196-2.3543	0.2879	141	0.2312	1366	1507	100
2.3543-2.3911	0.2899	137	0.2244	1362	1499	99
2.3911-2.4303	0.2896	145	0.2201	1380	1525	100
2.4303-2.4722	0.2901	136	0.2188	1363	1499	100
2.4722-2.5171	0.3097	133	0.2048	1402	1535	100
2.5171-2.5655	0.2719	141	0.207	1359	1500	100
2.5655-2.6179	0.234	137	0.2001	1369	1506	100
2.6179-2.6748	0.2341	141	0.2068	1379	1520	100
2.6748-2.737	0.2685	142	0.2013	1388	1530	100
2.737-2.8054	0.2512	129	0.1887	1345	1474	99
2.8054-2.8813	0.2127	137	0.1819	1390	1527	100
2.8813-2.9661	0.2442	138	0.1895	1373	1511	100
2.9661-3.0618	0.264	141	0.1846	1375	1516	100
3.0618-3.1712	0.2832	134	0.1981	1375	1509	100
3.1712-3.2981	0.2376	138	0.1828	1374	1512	100
3.2981-3.4482	0.2143	138	0.1775	1369	1507	100
3.4482-3.6299	0.2436	140	0.164	1372	1512	99
3.6299-3.8572	0.2065	136	0.1635	1355	1491	99
3.8572-4.1548	0.147	138	0.156	1353	1491	100
4.1548-4.5726	0.2054	136	0.1512	1400	1536	100
4.5726-5.2334	0.2352	137	0.1649	1368	1505	99
5.2334-6.5903	0.2623	140	0.2106	1350	1490	99
6.5903-45.2918	0.1998	142	0.163	1354	1496	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.276	0.9785	-0.1008	2.8657	0.598	3.0039	0.3502	-0.4533	0.1935	1.0344	-0.414	-0.0073	-0.0206	-0.4106	0.0672	0.6467	-0.0827	-0.0154	0.476	-0.0146	0.2866	-20.6587	-12.7299	32.1109
2	1.526	0.2388	0.0888	2.5377	0.6474	2.3211	-0.0208	0.1566	0.0402	-0.0925	0.0727	-0.0598	-0.1628	-0.1092	-0.0577	0.1515	0.034	-0.0087	0.2735	0.0041	0.2403	-11.3356	-8.7426	7.6354
3	5.2133	0.2565	-0.4562	4.0359	-0.1998	2.7066	-0.2266	-0.1373	0.6365	0.1977	0.2526	0.0431	-0.035	-0.2178	-0.0376	0.2451	0.0408	-0.0823	0.4072	-0.0391	0.3449	-23.6385	-13.6766	5.1513
4	1.7599	1.2136	0.4425	3.3702	0.5305	0.8476	0.153	-0.291	0.0704	0.6751	-0.1583	-0.385	-0.0949	-0.0613	0.0357	0.3564	0.0188	-0.1061	0.3085	-0.0202	0.3314	-9.1451	-5.2173	23.661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 67 )	A	7 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 149 )	A	68 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 150 through 223 )	A	150 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 224 through 398 )	A	224 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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