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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z8s | ||||||
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タイトル | Human Mitochondrial ferritin mutant - C102A/C130A/E27C/E61C/E62C | ||||||
要素 | Ferritin, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Mitochondrail ferritin / gold / cysteine / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.973 Å | ||||||
データ登録者 | Zang, J. / Zheng, B. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Nanobiotechnology / 年: 2019 タイトル: Design and site-directed compartmentalization of gold nanoclusters within the intrasubunit interfaces of ferritin nanocage. 著者: Zang, J. / Zheng, B. / Zhang, X. / Arosio, P. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z8s.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z8s.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z8s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5z8s_validation.pdf.gz | 411.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5z8s_full_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5z8s_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5z8s_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/5z8s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20806.273 Da / 分子数: 1 / 変異: E27C/E61C/E62C/C102A/C130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N4E7, ferroxidase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 3.4M 1,6-Hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.973→41.923 Å / Num. obs: 18997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.973→2.044 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.973→41.923 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.973→41.923 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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