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- PDB-5z7b: Crystal structure of the VanR transcription factor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7b
タイトルCrystal structure of the VanR transcription factor in complex with vanillate
要素PadR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / PadR family transcriptional regulator / Predicted transcriptional regulators
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kwak, Y.M. / Park, S.C. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the VanR transcription factor and the role of its unique alpha-helix in effector recognition.
著者: Kwak, Y.M. / Park, S.C. / Na, H.W. / Kang, S.G. / Lee, G.S. / Ko, H.J. / Kim, P.H. / Oh, B.C. / Yoon, S.I.
履歴
登録2018年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PadR family transcriptional regulator
B: PadR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6654
ポリマ－44,3302
非ポリマー3342
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.771, 62.397, 183.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAGLYGLYAA-3 - 553 - 61
211SERSERGLYGLYBB-4 - 552 - 61
121GLUGLUTYRTYRAA69 - 8575 - 91
221GLUGLUTYRTYRBB69 - 8575 - 91
112GLUGLUTHRTHRAA86 - 10892 - 114
212GLUGLUTHRTHRBB86 - 10892 - 114
113ASNASNLEULEUAA109 - 192115 - 198
213ASNASNLEULEUBB109 - 192115 - 198
114SERSERTHRTHRAA56 - 6862 - 74
214SERSERTHRTHRBB56 - 6862 - 74

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 PadR family transcriptional regulator


分子量: 22165.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: APT58_11555 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0U4XX58, UniProt: Q8NN31*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-VNL / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / vanillate / 4-ヒドロキシ-3-メトキシ安息香酸イオン


分子量: 167.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: calcium acetate, PEG 8000, sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 24186 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1179

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.601 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22354 1180 4.9 %RANDOM
Rwork0.18072 ---
obs0.18281 22947 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 24 175 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9694281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90235295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7965397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15522.826138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05615536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6331528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5371.51960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1611.5799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04823113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96431202
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3854.51165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1446MEDIUM POSITIONAL0.180.5
1542LOOSE POSITIONAL0.55
1446MEDIUM THERMAL0.482
1542LOOSE THERMAL0.6510
2133MEDIUM POSITIONAL0.090.5
2176LOOSE POSITIONAL0.315
2133MEDIUM THERMAL0.342
2176LOOSE THERMAL0.3510
3499MEDIUM POSITIONAL0.130.5
3659LOOSE POSITIONAL0.465
3499MEDIUM THERMAL0.532
3659LOOSE THERMAL0.7510
475MEDIUM POSITIONAL0.260.5
455LOOSE POSITIONAL0.915
475MEDIUM THERMAL0.622
455LOOSE THERMAL0.6510
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 80 -
Rwork0.199 1639 -
obs--97.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2595-0.27290.77171.1204-0.26823.4108-0.03240.23350.0802-0.06790.04320.0029-0.1433-0.1938-0.01080.0515-0.01480.00630.18420.02070.037337.6246.2151.232
20.8954-2.1122-0.27994.55712.53780.80770.22780.1280.1266-0.5462-0.0998-0.1762-0.34210.0374-0.1280.10670.0180.05320.14160.00480.083841.19816.46229.838
30.5263-0.2476-0.52352.01632.41553.9394-0.02070.0818-0.0679-0.0192-0.0240.06850.14820.00220.04470.0238-0.0043-0.00270.1053-0.00840.035835.034-0.64324.836
43.0575-0.6841-0.50893.67160.04142.17990.10190.18510.3174-0.3511-0.0383-0.3017-0.17720.0314-0.06360.09080.01570.03840.12380.01760.044640.44832.97830.837
50.1139-0.2171-1.70381.00412.78196.8060.07530.1187-0.0396-0.201-0.26630.2058-0.4216-0.44630.1910.08580.0471-0.01430.214-0.02750.078140.5055.99218.59
60.6791-0.7642-0.77962.44352.29092.64110.01310.0304-0.01340.0470.03-0.0520.06740.098-0.04310.00620.0069-0.00370.1160.00420.036748.20510.7735.415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4B-4 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5B86 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6B109 - 192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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