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- PDB-3k0b: Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3k0b | ||||||
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Title | Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylase from Listeria monocytogenes str. 4b F2365 | ||||||
![]() | predicted N6-adenine-specific DNA methylase | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / methylase / PF01170 / putative RNA methylase / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Methyltransferase / Transferase | ||||||
Function / homology | VC0802-like - #30 / VC0802-like / Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylase from Listeria monocytogenes str. 4b F2365 Authors: Nocek, B. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 98.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 79.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | likely monomer |
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Components
#1: Protein | Mass: 44612.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: F2365 / Gene: LMOf2365_1916 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-EDO / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Ammonium sulfate 25 % PEG3350 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→40 Å / Num. all: 63435 / Num. obs: 62193 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 32 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3036 / % possible all: 95.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.691 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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