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万見
- PDB-3l5o: Crystal structure of protein with unknown function from DUF364 fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l5o
タイトルCrystal structure of protein with unknown function from DUF364 family (ZP_00559375.1) from Desulfitobacterium hafniense DCB-2 at 2.01 A resolution
要素uncharacterized protein from DUF364 family
キーワードAdenosyl binding protein / rare metals / siderophores / adenosyl binding site / protein with unknown function from DUF364 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Enolase-like; domain 1 - #100 / Rossmann fold - #11590 / Putative heavy-metal chelation domain / Domain of unknown function DUF4213 / Putative heavy-metal chelation / Putative heavy-metal chelation / Enolase-like; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / PF04016 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of the first representative of Pfam family PF04016 (DUF364) reveals enolase and Rossmann-like folds that combine to form a unique active site with a possible role in heavy-metal chelation.
著者: Miller, M.D. / Aravind, L. / Bakolitsa, C. / Rife, C.L. / Carlton, D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / ...著者: Miller, M.D. / Aravind, L. / Bakolitsa, C. / Rife, C.L. / Carlton, D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Krishna, S.S. / Kumar, A. / Marciano, D. / McMullan, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Reyes, R. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年2月2日ID: 2H1Q
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein from DUF364 family
B: uncharacterized protein from DUF364 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,64514
ポリマ－60,9252
非ポリマー72012
水4,288238
1
A: uncharacterized protein from DUF364 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7606
ポリマ－30,4631
非ポリマー2985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: uncharacterized protein from DUF364 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8858
ポリマ－30,4631
非ポリマー4227
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.640, 120.640, 75.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSEVALVALAA1 - 12720 - 146
21MSEMSEVALVALBB1 - 12720 - 146
12ASPASPLYSLYSAA143 - 251162 - 270
22ASPASPLYSLYSBB143 - 251162 - 270

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein from DUF364 family


分子量: 30462.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / DSM 10664 / 遺伝子: Dhaf_4260 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B8FUJ5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.0M LiCl, 0.1M citrate pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月29日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→28.977 Å / Num. obs: 41624 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 35.519 Å2 / Rmerge F obs: 0.12 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.26 / Num. measured all: 311344
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.01-2.080.8530.6681.821252798378320.81598.1
2.08-2.170.6320.5162.425108875087410.62699.9
2.17-2.260.4430.3733.321380747374630.45399.9
2.26-2.380.3340.2844.323798825282440.34499.9
2.38-2.530.2180.191623796824682350.23199.9
2.53-2.730.1550.135824119834483340.16399.9
2.73-30.1030.11411.931851804280360.13199.9
3-3.430.0530.07919.645056814181350.08899.9
3.43-4.320.0280.04928.647824820081960.054100
4.320.020.03936.347160826181920.04299.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→28.977 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.761 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. CHLORIDE (CL), IMIDAZOL (IMD), AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) HAVE BEEN MODELED ADDED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS, PROTEIN BUFFER AND CRYOPROTECTANT. 4. RESIDUES A103-109 AND B103-114 ARE DISORDERED AND WERE NOT MODELED. 5. RESIDUE B117 (GLU) IS A RAMACHANDRAN OUTLIER, AND IS LOCATED IN WEAK DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2092 5 %RANDOM
Rwork0.171 39491 --
obs0.173 41583 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.76 Å2 / Biso mean: 52.382 Å2 / Biso min: 28.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.18 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3695 0 46 238 3979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9735222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84638180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3655497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52823.933150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18315592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1671521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.24061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.00732523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.48931000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.03753954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.77481496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.505111263
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11608LOOSE POSITIONAL0.435
11608LOOSE THERMAL2.5110
21604LOOSE POSITIONAL0.465
21604LOOSE THERMAL2.1110
LS精密化 シェル解像度: 2.009→2.061 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 178 -
Rwork0.225 2874 -
all-3052 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2782-0.850.41651.31320.42631.0282-0.027-0.4760.23060.183-0.0034-0.05720.0626-0.24880.0304-0.2757-0.0308-0.0097-0.08140.0216-0.07472.06147.44266.212
23.0540.1773-1.21170.8941-0.44272.44990.02930.3752-0.0181-0.2249-0.03860.0780.1236-0.40570.0092-0.22040.0707-0.011-0.1958-0.0171-0.105717.74942.18935.329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 251
2X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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