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Yorodumi- PDB-4ied: Crystal Structure of FUS-1 (OXA-85), a Class D beta-lactamase fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ied | ||||||
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Title | Crystal Structure of FUS-1 (OXA-85), a Class D beta-lactamase from Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum | ||||||
Components | Class D beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / class D beta-lactamase / FUS-1 / OXA-85 / antibiotic / beta-lactamase fold / Beta Lactamase Activity | ||||||
Function / homology | Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Class D beta-lactamase Function and homology information | ||||||
Biological species | Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Mangani, S. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of FUS-1 (OXA-85), a Class D beta-lactamase from Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum Authors: Mangani, S. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ied.cif.gz | 440.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ied.ent.gz | 376.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ied.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ied_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ied_full_validation.pdf.gz | 491 KB | Display | |
Data in XML | 4ied_validation.xml.gz | 56.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4ied_validation.cif.gz | 88.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ied ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/4ied | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29770.119 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum (bacteria) Gene: fus1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6XL56, beta-lactamase |
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-Non-polymers , 5 types, 1706 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: FUS-1 15mg/mL in 10 mM Tris pH=8.0, 0.1M NaCl, 4.0 M Na/NH4 formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2005 |
Radiation | Monochromator: Diamond 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→37.59 Å / Num. all: 146121 / Num. obs: 146121 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 11.448 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.58 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 21066 / % possible all: 94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5→37.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.165 / SU ML: 0.044 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.78 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→37.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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