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万見
- PDB-5z74: Crystal structure of alkaline/neutral invertase InvB from Anabaen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z74
タイトルCrystal structure of alkaline/neutral invertase InvB from Anabaena sp. PCC 7120 complexed with sucrose
要素Alr0819 protein
キーワードHYDROLASE / alkaline/neutral invertases / cyanobacteria / glycoside hydrolase family 100 / sucrose hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 100 / Alkaline and neutral invertase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Xie, J. / Hu, H.X. / Cai, K. / Yang, F. / Jiang, Y.L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630001 中国
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural and enzymatic analyses of Anabaena heterocyst-specific alkaline invertase InvB.
著者: Xie, J. / Hu, H.X. / Cai, K. / Xia, L.Y. / Yang, F. / Jiang, Y.L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2018年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alr0819 protein
A: Alr0819 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9044
ポリマ－105,2192
非ポリマー6852
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.946, 82.171, 97.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alr0819 protein / Neutral invertase


分子量: 52609.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: invB, alr0819 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YYM9, beta-fructofuranosidase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.7M lithium chloride, 6% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 80206 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8173 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z73

5z73


解像度: 1.95→31.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.686 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23854 4009 5 %RANDOM
Rwork0.20828 ---
obs0.20978 76001 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å20.19 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→31.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7008 0 46 184 7238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.9839834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.735315913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8725870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40123.855332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.433151163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1481546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.363.563489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.363.5593488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.335.3294353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3295.334354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5113.843751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5113.843751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6385.6495481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.07629.0938568
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.07329.0688519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 270 -
Rwork0.273 5675 -
obs--97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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