PDB-5z70: Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z70

タイトル

Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. KCTC 12332

要素

Oleate hydratase

キーワード

HYDROLASE / oleate hydratase

機能・相同性

oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / fatty acid metabolic process / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Oleate hydratase

機能・相同性情報

生物種

Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Park, A.K.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of oleate hydratase from Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 reveals conformational plasticity surrounding the FAD binding site.
著者: Park, A.K. / Lee, G.H. / Kim, D.W. / Jang, E.H. / Kwon, H.T. / Chi, Y.M.

履歴

登録	2018年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z70.cif.gz	224.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z70.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/5z70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uirS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hvl-d 4toq-d 6pt1-d 5i7h-d 3p3l-d 5keu-2 6d3h-2 2a3l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oleate hydratase

B: Oleate hydratase

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oleate hydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oleate hydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.061, 235.252, 176.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Oleate hydratase 分子量: 67633.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas sp. KCTC 12332 (バクテリア) 遺伝子: AXG53_12705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126NKL7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris propane, Potassium thiocyanate, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28812 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 75.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.257 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.266 / Χ²: 3.856 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 415860

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.9-2.95	14	3.151	1438	0.519	0.869	3.27	1.311	100
2.95-3	14.3	2.621	1397	0.577	0.715	2.717	1.335	100
3-3.06	14.5	2.019	1426	0.724	0.547	2.093	1.359	100
3.06-3.12	14.6	1.734	1432	0.78	0.468	1.796	1.399	100
3.12-3.19	14.8	1.448	1419	0.832	0.389	1.499	1.398	100
3.19-3.27	14.8	1.076	1419	0.891	0.288	1.114	1.569	100
3.27-3.35	14.8	0.86	1419	0.921	0.231	0.891	1.497	100
3.35-3.44	14.7	0.61	1436	0.958	0.164	0.632	1.603	100
3.44-3.54	14.8	0.512	1406	0.958	0.138	0.53	1.725	100
3.54-3.65	14.8	0.392	1457	0.982	0.106	0.407	1.946	100
3.65-3.78	14.7	0.326	1417	0.984	0.088	0.338	2.14	100
3.78-3.94	14.7	0.28	1428	0.984	0.076	0.29	2.415	100
3.94-4.11	14.7	0.228	1443	0.99	0.061	0.237	2.844	100
4.11-4.33	14.6	0.188	1447	0.992	0.051	0.195	3.487	100
4.33-4.6	14.6	0.164	1431	0.993	0.044	0.17	4.497	100
4.6-4.96	14.6	0.164	1448	0.992	0.045	0.17	5.277	100
4.96-5.46	14.4	0.163	1466	0.99	0.045	0.169	6.048	100
5.46-6.24	14.2	0.153	1485	0.988	0.042	0.158	7.411	100
6.24-7.86	13.7	0.113	1482	0.994	0.032	0.118	8.763	99.9
7.86-50	12.4	0.107	1516	0.988	0.033	0.112	21.011	96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UIR

4uir

解像度: 2.91→35.827 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1514	5.26 %	RANDOM
R_work	0.2265	27247	-	-
obs	0.2299	28761	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.87 Å² / B_iso mean: 71.758 Å² / B_iso min: 26.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.91→35.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8599	0	0	7	8606
B_iso mean	-	-	-	52.25	-
残基数	-	-	-	-	1081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8807
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	11957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.152	3212

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9097-3.0036	0.3797	145	0.32	2372	2517	97
3.0036-3.1109	0.3963	132	0.3027	2452	2584	100
3.1109-3.2354	0.3459	113	0.2957	2466	2579	100
3.2354-3.3825	0.4148	134	0.2719	2459	2593	100
3.3825-3.5607	0.3146	138	0.2474	2465	2603	100
3.5607-3.7835	0.3409	137	0.2366	2460	2597	100
3.7835-4.0753	0.2907	161	0.2225	2467	2628	100
4.0753-4.4847	0.2606	128	0.1948	2490	2618	100
4.4847-5.132	0.2507	133	0.2005	2523	2656	100
5.132-6.4596	0.2931	140	0.2252	2521	2661	100
6.4596-35.8298	0.2381	153	0.204	2572	2725	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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