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- PDB-5z4z: Crystal structure of PaCysB NTD domain with space group C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z4z
タイトルCrystal structure of PaCysB NTD domain with space group C2
要素Transcriptional regulator CysB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CysB
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Yang, C. / Liang, H. / Gan, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Molecular insights into the master regulator CysB-mediated bacterial virulence in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Song, Y. / Yang, C. / Chen, G. / Zhang, Y. / Seng, Z. / Cai, Z. / Zhang, C. / Yang, L. / Gan, J. / Liang, H.
履歴
登録2018年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator CysB
B: Transcriptional regulator CysB
C: Transcriptional regulator CysB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0344
ポリマ－30,9383
非ポリマー961
水2,630146
1
A: Transcriptional regulator CysB
B: Transcriptional regulator CysB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7213
ポリマ－20,6252
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator CysB

C: Transcriptional regulator CysB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6252
ポリマ－20,6252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2160 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.084, 53.222, 57.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-137-

HOH

21C-143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator CysB / CysB / CysB family transcriptional regulator / HTH-type transcriptional regulator CysB / LysR ...CysB / CysB family transcriptional regulator / HTH-type transcriptional regulator CysB / LysR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator CysB


分子量: 10312.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET28SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2C6M5K9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
解説: the entry contains friedel pairs in F-plus/minus columns
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% 2-propanol,0.1M sodium phosphate/citric acid PH4.2 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 18944 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IXC

1ixc


解像度: 2.053→29.444 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 967 5.11 %RANDOM
Rwork0.1954 ---
obs0.1979 18940 93.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.053→29.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2046 0 5 146 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8072811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6181253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0531-2.16130.29281450.2312296X-RAY DIFFRACTION86
2.1613-2.29670.42791250.27492312X-RAY DIFFRACTION84
2.2967-2.47390.26111300.22142612X-RAY DIFFRACTION95
2.4739-2.72270.28111290.2082631X-RAY DIFFRACTION97
2.7227-3.11630.24741470.19572691X-RAY DIFFRACTION98
3.1163-3.92480.21661270.1712665X-RAY DIFFRACTION97
3.9248-29.44740.19461640.17672766X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15560.33251.14591.87490.24352.83870.0947-0.1931-0.11030.2868-0.0322-0.16070.3277-0.1531-0.03730.2358-0.06230.04210.1974-0.01870.252729.7597-0.305317.2058
21.7370.61231.33051.12240.89793.9443-0.01160.05990.1028-0.0926-0.009-0.0733-0.11980.16410.01140.1597-0.01060.0470.11680.0240.283727.8465.4844-2.5394
32.2694-0.151.05081.00340.05372.50120.37080.3276-0.239-0.0435-0.1198-0.13980.20380.1103-0.17490.19390.0625-0.03040.1977-0.02040.304250.85916.922517.7844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:89)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:90)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:88)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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