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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z4p | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-Compound TCA complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / Tubulin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Luo, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery and Design of novel Tubulin inhibitors 著者: Zhang, H. / Luo, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z4p.cif.gz | 453.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z4p.ent.gz | 358.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z4p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5z4p_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5z4p_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5z4p_validation.xml.gz | 84 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5z4p_validation.cif.gz | 110.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4o2bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-438 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947 #2: タンパク質 | 分子量: 48391.410 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-425 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 21680.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 43549.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 10種, 80分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MES / | #11: 化合物 | ChemComp-97O / | #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-ACP / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 6% PEG 4000, 8% glycerol, 100mM MES, 30mM CaCl2, 30mM MgCl2, pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.64 Å / Num. obs: 101936 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 9.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.665 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4O2B 解像度: 2.5→49.636 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.636 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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