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- PDB-5z42: Aquifex aeolicus MutL endonuclease domain with three zinc ions. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z42
タイトルAquifex aeolicus MutL endonuclease domain with three zinc ions.
要素DNA mismatch repair protein MutL
キーワードDNA BINDING PROTEIN / mismatch repair protein / endonuclease / zinc / thermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site ...MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fukui, K. / Yano, T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Multiple zinc ions maintain the open conformation of the catalytic site in the DNA mismatch repair endonuclease MutL from Aquifex aeolicus
著者: Fukui, K. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Yano, T.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,89111
ポリマ－12,3521
非ポリマー53910
水2,324129
1
A: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子

A: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,78222
ポリマ－24,7052
非ポリマー1,07820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.623, 35.623, 167.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein MutL


分子量: 12352.259 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 325-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: mutL, aq_1578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O67518

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非ポリマー , 6種, 139分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate, 5mM zinc acetate, 15%(v/v) polyethylene glycol 400, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 27699 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 50.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 3.333 / Num. unique obs: 1360 / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.859 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→32.793 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1999 7.23 %
Rwork0.1894 --
obs0.1905 27636 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数869 0 16 129 1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2711201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.686357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2998-1.33230.23351380.23191766X-RAY DIFFRACTION98
1.3323-1.36830.21971380.21911780X-RAY DIFFRACTION98
1.3683-1.40860.21911380.20961760X-RAY DIFFRACTION98
1.4086-1.4540.28411370.20271763X-RAY DIFFRACTION99
1.454-1.5060.22621410.18541797X-RAY DIFFRACTION99
1.506-1.56630.18571400.17451802X-RAY DIFFRACTION99
1.5663-1.63760.21981410.16741795X-RAY DIFFRACTION99
1.6376-1.72390.21451410.17591810X-RAY DIFFRACTION99
1.7239-1.83190.19591410.17931811X-RAY DIFFRACTION99
1.8319-1.97330.21341450.17381868X-RAY DIFFRACTION100
1.9733-2.17190.19851450.17331843X-RAY DIFFRACTION100
2.1719-2.48610.20291450.18651875X-RAY DIFFRACTION100
2.4861-3.13180.21051500.20781919X-RAY DIFFRACTION100
3.1318-32.80370.18921590.19182048X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9063 Å / Origin y: 6.7123 Å / Origin z: -10.0108 Å
111213212223313233
T0.1054 Å20.0144 Å2-0.0186 Å2-0.1221 Å20.0033 Å2--0.1257 Å2
L0.3819 °20.2562 °2-0.1185 °2-0.7822 °20.5786 °2--2.356 °2
S-0.0039 Å °0.0171 Å °0.0042 Å °-0.0183 Å °0.0479 Å °-0.057 Å °-0.0257 Å °0.2005 Å °-0.0372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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