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- PDB-5z3j: Crystal Structure of Abrin A chain (Recombinant) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z3j
タイトルCrystal Structure of Abrin A chain (Recombinant) in complex with Nicotinamide at 1.7 Angstroms
要素Abrin A-chain
キーワードHYDROLASE / Ribosome Inactivating Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose binding / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / positive regulation of endocytosis / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NICOTINAMIDE / Abrin-a / Abrin A-chain
類似検索 - 構成要素
生物種Abrus precatorius (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bansia, H. / Karande, A.A. / Ramakumar, S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for neutralization of cytotoxic abrin by monoclonal antibody D6F10.
著者: Bansia, H. / Bagaria, S. / Karande, A.A. / Ramakumar, S.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abrin A-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8983
ポリマ－29,7071
非ポリマー1912
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area10760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.660, 74.080, 82.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Abrin A-chain


分子量: 29707.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abrus precatorius (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7DM12, UniProt: P11140*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the conflict (Y85H) is due to an ISOFORM OF Q7DM12 (ABRIN-A), but the isoform ...Authors state that the conflict (Y85H) is due to an ISOFORM OF Q7DM12 (ABRIN-A), but the isoform has not been reported in the UniProt DB. FOR REFERENCE : Hung, C. H., Lee, M. C., Lee, T. C. & Lin, J. Y. (1993) Primary structure of three distinct isoabrins determined by cDNA sequencing : conservation and significance, J. Mol. Biol. 229,263 - 267

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.2M Magnesium Chloride, Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.66 Å / Num. obs: 26038 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.736.70.66615300.8050.2830.726100
9-23.665.80.0412330.9920.020.04695.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ABR

1abr


解像度: 1.7→23.656 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 1261 4.87 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2009 25908 89.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.35 Å2 / Biso mean: 27.2545 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→23.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1882 0 14 197 2093
Biso mean--23.22 31.36 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5362658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1271165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.76810.31111430.309430233166100
1.7681-1.84850.31411530.28929873140100
1.8485-1.94590.3643850.32611861194662
1.9459-2.06780.20951410.20432576271786
2.0678-2.22730.22371380.19832644278288
2.2273-2.45120.30161520.23642634278687
2.4512-2.80550.20231540.18222869302394
2.8055-3.53270.21591530.17662982313596
3.5327-23.65820.1651420.16583071321395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.60830.98673.32193.7379-0.16475.09880.1775-0.305-0.34590.4012-0.0616-0.27860.1137-0.0806-0.11930.1695-0.0127-0.02890.12060.02590.1466-39.03677.890122.0332
24.23432.09882.5166.47260.36682.3637-0.0764-0.22630.46530.12260.13690.90160.067-0.2806-0.03420.1252-0.02840.03530.23410.07760.2346-54.907283.947214.8592
36.08450.41160.83413.7256-0.05651.76680.0599-0.48120.01480.4260.0177-0.1394-0.0832-0.0841-0.09370.1666-0.00260.01070.13230.01180.1015-37.794190.685820.9335
43.6278-0.4431-0.81464.19080.84571.24980.08130.21140.3248-0.12640.00850.1759-0.1371-0.1479-0.07920.1491-0.0114-0.00710.12480.04220.1421-39.072698.887612.8841
52.98810.97330.79043.6136-0.27685.1751-0.08530.0871-0.118-0.0402-0.0594-0.5935-0.14950.18730.13520.1195-0.02140.00770.17250.02310.277-25.685790.204112.9781
65.3224.8344-0.70169.3664-2.00333.1974-0.14520.13440.06330.00630.06-0.3346-0.10880.08360.1010.0950.00860.0140.1469-0.01450.1279-32.164388.239711.3526
78.04412.20470.77433.51771.28592.3668-0.07010.0316-1.0664-0.10340.0173-1.33280.21520.29290.01630.2140.00830.06630.13530.01780.5083-29.529574.205912.2103
83.01382.0802-1.26864.05850.35441.2072-0.38210.87480.3867-1.42340.5966-0.0890.1445-0.0804-0.14060.4046-0.1417-0.01650.2918-0.00460.0722-43.944278.0282.0108
97.59820.4547-0.31240.94820.24081.45830.38830.3502-0.4485-1.08980.6073-0.34660.07880.1542-0.39650.8347-0.33980.10090.6251-0.40010.0597-45.225271.304-3.5267
100.071-0.10560.65320.1398-0.80114.7113-0.01470.1979-0.4314-1.01110.5817-0.20340.70940.1198-0.42550.6875-0.1860.09040.4727-0.13350.3577-44.632867.6970.3549
112.9120.1302-2.67876.12760.22642.46070.07780.1785-0.1153-0.63730.11370.77130.1153-0.3711-0.10340.1831-0.0743-0.06220.24330.0630.2481-52.84378.07917.7951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 33 )A4 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 50 )A34 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 80 )A51 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 120 )A81 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 147 )A121 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 148 through 167 )A148 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 168 through 188 )A168 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 189 through 207 )A189 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 208 through 225 )A208 - 225
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 226 through 239 )A226 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 240 through 249 )A240 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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