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- PDB-5z2c: Crystal structure of ALPK-1 N-terminal domain in complex with ADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z2c
タイトルCrystal structure of ALPK-1 N-terminal domain in complex with ADP-heptose
要素Alpha-protein kinase 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / pattern recognition receptor / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cilium assembly / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / spindle pole / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...monosaccharide binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cilium assembly / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / spindle pole / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / ciliary basal body / cilium / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-protein kinase 1 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AYU / Alpha-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Ding, J. / She, Y. / Shao, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Alpha-kinase 1 is a cytosolic innate immune receptor for bacterial ADP-heptose.
著者: Zhou, P. / She, Y. / Dong, N. / Li, P. / He, H. / Borio, A. / Wu, Q. / Lu, S. / Ding, X. / Cao, Y. / Xu, Y. / Gao, W. / Dong, M. / Ding, J. / Wang, D.C. / Zamyatina, A. / Shao, F.
履歴
登録2018年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-protein kinase 1
B: Alpha-protein kinase 1
C: Alpha-protein kinase 1
D: Alpha-protein kinase 1
E: Alpha-protein kinase 1
F: Alpha-protein kinase 1
G: Alpha-protein kinase 1
H: Alpha-protein kinase 1
I: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,48818
ポリマ－445,9139
非ポリマー5,5749
水00
1
A: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Alpha-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1652
ポリマ－49,5461
非ポリマー6191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.260, 214.388, 173.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alpha-protein kinase 1 / Chromosome 4 kinase / Lymphocyte alpha-protein kinase


分子量: 49545.922 Da / 分子数: 9 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALPK1, KIAA1527, LAK / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96QP1, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-AYU / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3S,4S,5S,6R)-6-[(1S)-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate / アデノシン5′-(二りん酸β-α-L-glycero-D-manno-ヘプトピラノシル)


分子量: 619.368 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N5O16P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.4M sodium formate, 0.1M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.89 Å / Num. obs: 174023 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 12581 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.594→48.888 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 2000 1.15 %
Rwork0.242 --
obs0.2422 173963 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.594→48.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30186 0 360 0 30546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59942341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.19218969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5941-2.6590.36251410.330212127X-RAY DIFFRACTION96
2.659-2.73080.31041430.318312349X-RAY DIFFRACTION98
2.7308-2.81120.32861430.309512217X-RAY DIFFRACTION98
2.8112-2.90190.32421440.310112394X-RAY DIFFRACTION98
2.9019-3.00560.35761430.31512273X-RAY DIFFRACTION98
3.0056-3.12590.32561430.307712313X-RAY DIFFRACTION98
3.1259-3.26820.34821400.295112020X-RAY DIFFRACTION95
3.2682-3.44040.29151440.277312373X-RAY DIFFRACTION99
3.4404-3.65590.25891430.255612408X-RAY DIFFRACTION99
3.6559-3.93810.31161450.235412437X-RAY DIFFRACTION99
3.9381-4.33420.26381440.218112338X-RAY DIFFRACTION98
4.3342-4.96080.21161390.203912030X-RAY DIFFRACTION95
4.9608-6.24810.24021460.236912467X-RAY DIFFRACTION99
6.2481-48.89660.16581420.166112217X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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