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万見
- PDB-5z1d: MAP2K7 C276S mutant-inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z1d
タイトルMAP2K7 C276S mutant-inhibitor
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
キーワードTRANSFERASE / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / : / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / cellular response to interleukin-1 ...JUN kinase kinase activity / regulation of motor neuron apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase / response to osmotic stress / Fc-epsilon receptor signaling pathway / : / positive regulation of telomere capping / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / response to tumor necrosis factor / response to UV / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / molecular function activator activity / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / response to wounding / cellular senescence / response to heat / protein tyrosine kinase activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein serine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-95U / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kinoshita, T. / London, N.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Covalent Docking Identifies a Potent and Selective MKK7 Inhibitor.
著者: Shraga, A. / Olshvang, E. / Davidzohn, N. / Khoshkenar, P. / Germain, N. / Shurrush, K. / Carvalho, S. / Avram, L. / Albeck, S. / Unger, T. / Lefker, B. / Subramanyam, C. / Hudkins, R.L. / ...著者: Shraga, A. / Olshvang, E. / Davidzohn, N. / Khoshkenar, P. / Germain, N. / Shurrush, K. / Carvalho, S. / Avram, L. / Albeck, S. / Unger, T. / Lefker, B. / Subramanyam, C. / Hudkins, R.L. / Mitchell, A. / Shulman, Z. / Kinoshita, T. / London, N.
履歴
登録2017年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4983
ポリマ－36,9831
非ポリマー5162
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area13450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.584, 63.827, 88.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 7 / MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase ...MAPKK 7 / JNK-activating kinase 2 / MAPK/ERK kinase 7 / MEK 7 / Stress-activated protein kinase kinase 4 / SAPKK4 / c-Jun N-terminal kinase kinase 2 / JNKK 2


分子量: 36982.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 103-419 / 変異: C276S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K7, JNKK2, MEK7, MKK7, PRKMK7, SKK4 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
参照: UniProt: O14733, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-95U / N-[3-(6-methyl-1H-indazol-3-yl)phenyl]prop-2-enamide


分子量: 277.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the conflict(SER,270A) is due to the expression artifact. (see SEQADV)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→51.8 Å / Num. obs: 14635 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y90

5y90


解像度: 2.28→51.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 8.616 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25806 704 4.8 %RANDOM
Rwork0.19227 ---
obs0.19544 13893 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å2-0 Å20 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----3.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.28→51.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 36 101 2333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.993057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91335156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4665270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62623.83899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.97615430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3844.2361092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3814.2321091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8396.3311358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8386.3351359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5844.8911185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5844.8911185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9997.0921700
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.47334.9942686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.47235.0122687
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 40 -
Rwork0.249 1010 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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