PDB-5z0q: Crystal Structure of OvoB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z0q

タイトル

Crystal Structure of OvoB

要素

Aminotransferase, class I and II

キーワード

TRANSFERASE / Ovothiol A / biosynthesis / C-S lyase / aminotransferase / PLP coenzyme / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Erwinia tasmaniensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Cai, Y.J. / Huang, P. / Wu, L. / Zhou, J.H. / Liu, P.H.

引用

ジャーナル: Org. Lett. / 年: 2018
タイトル: In Vitro Reconstitution of the Remaining Steps in Ovothiol A Biosynthesis: C-S Lyase and Methyltransferase Reactions.
著者: Naowarojna, N. / Huang, P. / Cai, Y. / Song, H. / Wu, L. / Cheng, R. / Li, Y. / Wang, S. / Lyu, H. / Zhang, L. / Zhou, J. / Liu, P.

履歴

登録	2017年12月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z0q.cif.gz	855.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z0q.ent.gz	718.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z0q_validation.pdf.gz	553.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z0q_full_validation.pdf.gz	605.9 KB	表示
XML形式データ	5z0q_validation.xml.gz	146.1 KB	表示
CIF形式データ	5z0q_validation.cif.gz	192.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dgtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qp3-2 4dq6-d 3b1e-1 3b1c-1 6qp3-1 3b1c-2 3b1d-2 3b1e-2 3piu-1 4dgt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Aminotransferase, class I and II

A: Aminotransferase, class I and II

B: Aminotransferase, class I and II

D: Aminotransferase, class I and II

E: Aminotransferase, class I and II

F: Aminotransferase, class I and II

G: Aminotransferase, class I and II

H: Aminotransferase, class I and II

I: Aminotransferase, class I and II

J: Aminotransferase, class I and II

K: Aminotransferase, class I and II

L: Aminotransferase, class I and II

ヘテロ分子

529 kDa, 12 ポリマー
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1

C: Aminotransferase, class I and II

E: Aminotransferase, class I and II

ヘテロ分子

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88.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Aminotransferase, class I and II

I: Aminotransferase, class I and II

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3

B: Aminotransferase, class I and II

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4

D: Aminotransferase, class I and II

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5

F: Aminotransferase, class I and II

J: Aminotransferase, class I and II

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6

H: Aminotransferase, class I and II

L: Aminotransferase, class I and II

ヘテロ分子

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88.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.123, 133.590, 165.703
Angle α, β, γ (deg.)	89.39, 84.58, 86.56
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aminotransferase, class I and II / OvoB 分子量: 43798.848 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Erwinia tasmaniensis (strain DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99) (バクテリア) 株: DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99 / 遺伝子: ETA_14770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2VJB8
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, calcium acetate, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 125870 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 7.05
反射シェル	解像度: 2.77→2.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DGT

4dgt

解像度: 2.77→42.973 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	5826	4.92 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2125	118344	90.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→42.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36073	0	0	0	36073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	36951
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.513	50110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.99	22057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	5359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7318-2.7629	0.3678	74	0.3192	1645	X-RAY DIFFRACTION	39
2.7629-2.7954	0.4217	112	0.2975	2412	X-RAY DIFFRACTION	59
2.7954-2.8294	0.3702	150	0.2972	2709	X-RAY DIFFRACTION	66
2.8294-2.8652	0.3897	169	0.2954	3214	X-RAY DIFFRACTION	76
2.8652-2.9029	0.334	175	0.2924	3528	X-RAY DIFFRACTION	83
2.9029-2.9427	0.3753	202	0.2798	3560	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9427-2.9847	0.3296	212	0.2687	3723	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9847-3.0293	0.3519	204	0.2635	3835	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0293-3.0766	0.3444	182	0.265	3809	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0766-3.127	0.3253	199	0.2675	3843	X-RAY DIFFRACTION	93
3.127-3.1809	0.3662	205	0.2542	3953	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1809-3.2387	0.3184	227	0.2531	3942	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2387-3.301	0.3133	192	0.2526	3909	X-RAY DIFFRACTION	95
3.301-3.3684	0.3234	181	0.2455	3982	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3684-3.4416	0.2978	226	0.2425	3997	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4416-3.5216	0.3182	171	0.2301	3972	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5216-3.6096	0.2811	224	0.2269	3958	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6096-3.7072	0.2893	195	0.2036	3903	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7072-3.8162	0.2747	196	0.1991	4092	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8162-3.9393	0.2433	203	0.1924	4104	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9393-4.08	0.2415	223	0.1866	4067	X-RAY DIFFRACTION	98
4.08-4.2432	0.2354	215	0.181	4069	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2432-4.4361	0.2404	207	0.1763	4105	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4361-4.6697	0.2398	217	0.1738	4062	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6697-4.9619	0.2478	185	0.1797	4100	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9619-5.3444	0.2393	213	0.1832	4049	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3444-5.881	0.2447	190	0.1928	4058	X-RAY DIFFRACTION	97
5.881-6.7292	0.2459	177	0.2034	4115	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7292-8.4674	0.1873	231	0.1666	4036	X-RAY DIFFRACTION	97
8.4674-42.9786	0.1851	269	0.1632	3767	X-RAY DIFFRACTION	92

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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