PDB-5z01: Native Escherichia coli L,D-carboxypeptidase A (LdcA)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z01

タイトル

Native Escherichia coli L,D-carboxypeptidase A (LdcA)

要素

Murein tetrapeptide carboxypeptidase

キーワード

HYDROLASE / peptidoglycan / recycling / cell-wall

機能・相同性

機能・相同性情報

glycopeptide catabolic process / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / serine-type peptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Meyer, K. / Tame, J.R.H.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure and oligomeric form of Escherichia colil,d-carboxypeptidase A.
著者: Meyer, K. / Addy, C. / Akashi, S. / Roper, D.I. / Tame, J.R.H.

履歴

登録	2017年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z01.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z01.ent.gz	57.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z01_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z01_full_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示
XML形式データ	5z01_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5z01_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z03-d 5kka-d 2h2q-4 2x0r-d 1d3a-d 6bal-4 2dfd-2 6itk-d 4i1i-d 6ka0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Murein tetrapeptide carboxypeptidase

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Murein tetrapeptide carboxypeptidase

ヘテロ分子

A: Murein tetrapeptide carboxypeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, Analytical ultracentrifugation sedimentation velocity
71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.949, 89.069, 93.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Murein tetrapeptide carboxypeptidase / LD-carboxypeptidase A / Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase 分子量: 35687.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ldcA, ycgQ, b1192, JW1181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P76008, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.02M Tris pH 8.5, 0.2M sodium thiocyanate, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.9 Å / Num. obs: 33235 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.77 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 1.016 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1801 / CC_1/2: 0.889 / R_pim(I) all: 0.37 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→46.886 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.201 / WR_factor R_work: 0.157 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.8431 / Average fsc work: 0.8508 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2246	1631	4.905 %	RANDOM
R_work	0.1762	31620	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	0.179	33251	99.946 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.444 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.687 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2371	0	1	212	2584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.949	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.047	3	5171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.322	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.029	23.304	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.916	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.032	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.672	2.735	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.671	2.733	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.564	4.088	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.565	4.09	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.785	3.207	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.783	3.208	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.714	4.652	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.711	4.653	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.244	33.905	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.175	33.586	2681

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.376	125	0.33	2309	0.333	2435	0.512	0.505	99.9589	0.3
1.795-1.845	0.292	120	0.312	2238	0.311	2358	0.528	0.52	100	0.279
1.845-1.898	0.298	101	0.287	2189	0.288	2292	0.676	0.659	99.9127	0.25
1.898-1.956	0.303	108	0.25	2137	0.253	2245	0.798	0.794	100	0.212
1.956-2.02	0.277	91	0.208	2064	0.21	2158	0.864	0.882	99.861	0.175
2.02-2.091	0.227	104	0.192	2019	0.194	2123	0.909	0.912	100	0.162
2.091-2.17	0.249	103	0.181	1901	0.185	2005	0.9	0.922	99.9501	0.155
2.17-2.258	0.247	108	0.171	1854	0.175	1962	0.907	0.93	100	0.144
2.258-2.358	0.182	105	0.162	1796	0.163	1904	0.941	0.942	99.8424	0.135
2.358-2.473	0.2	94	0.149	1693	0.152	1788	0.948	0.96	99.9441	0.126
2.473-2.607	0.196	87	0.143	1633	0.146	1720	0.949	0.96	100	0.123
2.607-2.764	0.229	83	0.163	1528	0.166	1611	0.937	0.953	100	0.143
2.764-2.954	0.248	92	0.154	1440	0.159	1533	0.932	0.956	99.9348	0.139
2.954-3.19	0.184	66	0.175	1363	0.176	1429	0.957	0.955	100	0.163
3.19-3.493	0.221	62	0.167	1271	0.17	1333	0.954	0.963	100	0.16
3.493-3.902	0.218	38	0.157	1166	0.158	1205	0.947	0.969	99.917	0.154
3.902-4.501	0.162	39	0.133	1035	0.134	1074	0.966	0.976	100	0.134
4.501-5.5	0.183	46	0.149	866	0.151	912	0.968	0.975	100	0.151
5.5-7.725	0.254	44	0.179	690	0.183	734	0.928	0.955	100	0.182
7.725-46.886	0.186	15	0.177	428	0.177	445	0.947	0.958	99.5506	0.189

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